Las criptofitas se consideran un grupo críptico de difícil identificación, lo que ha supuesto un gran desconocimiento de su taxonomía aun siendo uno de los principales componentes de la comunidad fitoplanctónica en estuarios y otros sistemas acuáticos. En este estudio, a partir de muestras fijadas y cultivos obtenidos fundamentalmente en 2003 y 2004, se aborda la caracterización de la comunidad de criptofitas del estuario del río Nervión-Ibaizabal. Las criptofitas estuvieron presentes en el 95 % de las muestras y obtuvieron la mayor importancia relativa hacia finales de primavera y principios de verano en las estaciones medias debido a las floraciones de Hemiselmis (50-70 % del total de la comunidad) y en verano, más al interior, durante las mareas rojas de Urgorri complanatus (hasta el 80 %). Los únicos taxones numéricamente significativos, además de los dos citados, han sido Teleaulax spp. y Plagioselmis prolonga. En total, se han identificado16 especies pertenecientes a 11 géneros, siendo éste el estudio en el que más géneros y más especies se han identificado de entre los realizados empleando microscopía electrónica. Se han aislado dos nuevas especies, Papilomonas tarda y U. complanatus, que representan dos géneros nuevos para la ciencia, una nueva especie de Falcomonas, género que hasta el momento era uniespecífico, y tres nuevas especies del género Teleaulax. Todas las especies han sido caracterizadas mediante análisis de ficobiliproteinas, microscopía óptica y electrónica de barrido y, además, en los casos de P. tarda, U. complanatus y las cuatro especies de Teleaulax se ha analizado la ultraestructura interna mediante cortes ultrafinos. Adicionalmente, en el caso de los dos géneros nuevos, se realizaron análisis genéticos, que han revelado la singularidad de Urgorri.
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