Variación de la flora bacteriana en pacientes con epoc agudizado y tras su posterior estabilización: caracterización molecular mediante metagenómica
- Autores: Juan Carlos López Caro
- Directores de la Tesis: Miguel Santibáñez Margüello (dir. tes.), Antonio José Galiana Cabrera (codir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Cantabria ( España ) en 2017
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: María Madrazo Pérez (presid.), José Ramos Vivas (secret.), Montserrat Ruiz García (voc.)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: UCrea
- Resumen
- español
Para conocer la microbiota de pacientes EPOC con agudización y tras su posterior estabilización se analizaron los esputos de calidad de 60 pacientes. En total se analizaron 118 muestras (60 en agudización y 58 en fase estable) mediante método de secuenciación masiva Illumina miseq del gen 16s rRNA bacteriano obteniendose 4 microbiotas (clusters) diferentes.
Los clusters 1 (n=7), 2 (n=12) y 3 (n=3), específicos de pacientes agudizados, siendo la causa de la agudización, bacteriana y el cluster 4 (n=96), compartido por muestras de pacientes estables (n=58) y de pacientes agudizados (n=38).
El microbioma con mayor abundancia relativa fue Haemophilus NTHI (p=0,014) agrupado en el Cluster 1, que presentó la disbiosis más alta desplazando al resto de especies bacterianas.
En 10 de las 38 muestras agudizadas del Cluster 4 se encontró al menos un virus respiratorio. Los virus encontrados fueron en orden de frecuencia: Rhinovirus (n=4), Influenza A (n=3), Metapneumovirus (n=2) y Coronavirus OC43 (n=1). La agudización vírica, no modificó la microbiota, más allá de un aumento de la abundancia relativa de microorganismos consumidores de lactato como Veillonella. En el resto de las muestras (28/38) la agudización probablemente se debió a una etiología no infecciosa. En pacientes asmáticos la presencia de agudizaciones de causa no infecciosa fue superior, si bien las diferencias no alcanzaron significación estadística.
- English
60 patients with COPD were studied in order to characterize the microbiota of the low respiratory tract of during exacerbation and posterior stabilization. A total of 118 sputum samples of sufficient quality were finally included for bioinformatics analysis: 60 from the "exacerbated" clinical category and 58 obtained after posterior stabilization.
4 different microbiotas were identified. The bacterial microbiotas 1, 2 and 3 were specific for exacerbated patients (n= 7, 12 y 3 patients). The cause of the exacerbation, was determined as bacterial, mainly by Haemophilus (p=0.014). In cluster 4, both the “stable” (n=58/58) and the rest of the "exacerbated" sputum samples (n=38/60) with higher diversity were found, suggesting no bacterial exacerbations. Respiratory viruses were identified in 11 samples, all from the "exacerbated" clinical category. Viral exacerbation did not modify the microbiota, beyond an increase in the relative abundance of lactate-consuming microorganisms such as Veillonella
- español
