Novel microbial lineages from freshwater systems revealed by genomics and genome-resolved metagenomics
- Autores: Pedro José Cabello Yeves
- Directores de la Tesis: Francisco Rodríguez Valera (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat d'Alacant / Universidad de Alicante ( España ) en 2018
- Idioma: inglés
- Tribunal Calificador de la Tesis: Purificacion Lopez-Garcia (presid.), Emilio Ortega Casamayor (secret.), David Moreira Fernández (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biología Experimental y Aplicada por la Universidad de Alicante
- Materias:
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- Tesis en acceso abierto en: RUA
- Resumen
Hasta la fecha, se han realizado muy pocos estudios genómicos y metagenómicos focalizados en sistemas de agua dulce. La gran mayoría de estos diseños experimentales se han basado en la secuenciación de amplicones del gen del ARNr 16S. En este proyecto se han estudiado las comunidades microbianas de diferentes sistemas de agua dulce mediante metagenómica de alta resolución. En particular, se ha llevado a cabo un estudio ecogenómico de bacterias muy abundantes y ampliamente distribuidas a nivel mundial provenientes de embalses de agua dulce templados localizados en la Comunidad Valenciana, como son Tous y Amadorio. Entre estas, hemos estudiado picocianobacterias de los géneros Synechococcus y Cyanobium, que hasta ahora no habían sido bien caracterizados a nivel genómico, en comparación con sus representantes marinos. En particular se ha logrado aislar las dos picocianobacterias más abundantes del embalse de Tous, previamente detectadas por estudios metagenómicos. Estas picocianobacterias están ampliamente distribuidas en distintos ecosistemas de agua dulce y salobre, siendo bacterias de distribución geográfica mundial y global. En el presente trabajo también se han estudiado algunos de los primeros representantes de agua dulce del filo Verrucomicrobia, el cual también está bastante inexplorado a nivel genómico, habiendo encontrado metabolismos de fijación de nitrógeno, fotoheterotrofía mediante la acción de rhodopsinas o contribuciones importantes de estos microbios en la degradación de material recalcitrante y polisacáridos. En la presente tesis también se incluye el primer estudio metagenómico de comunidades microbianas bajo el hielo del lago ultraoligotrófico más voluminoso del planeta, el Lago Baikal. Este último estudio ha revelado una composición microbiana muy particular de la columna de agua bajo el hielo, habiendo encontrado nuevos linajes microbianos de multitud de filos típicos de agua dulce, incluyendo el primer representante de agua dulce del grupo I/II de SAR11, nuevos grupos de Proteobacteria, Thaumarchaea, Gemmatimonadetes, Nitrospirae, Acidobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia o Actinobacteria.
