En la actualidad existe una gran proporción de razas que se encuentran en peligro de extinción, cuyas perspectivas de futuro dependen del establecimiento de programas de conservación, que deben estar sustentados, entre otros, sobre estudios de diversidad genética. Este trabajo estudia el estado genético de siete razas autóctonas de caballos españoles en peligro de extinción (Asturcón, Losina, Jaca Navarra, Pura raza de Caballo Gallego, Pottoka, Mallorquina y Menorquina) mediante la utilización de 13 microsatélites, ya que han demostrado ser la herramienta más adecuada para detectar la variabilidad genética entre razas estrechamente relacionadas. Estas siete razas fueron comparadas con una muestra poblacional de la Raza Pura Sangre Inglés. Tomando como medidas de diversidad genética intrapoblacional la heterocigosis y la diversidad alélica, se observaron diferencias significativas entre las razas autóctonas para el número de alelos observados, pero no para la heterocigosis (P menor 0,05). Tanto solo la Raza Mallorquina parece haber atravesado recientemente un cuello de botella, lo que está justificado por las diferencias encontradas entre la heterocigosis, y la diversidad alélica. Los dendrogramas construidos a partir de dos matrices de distancia, Da y FST, con una correlación de r=0,97, mostraron en ambos casos a las razas Mallorquina y Menorquina agrupadas en un clado distinto al reso de razas, estando más próximas a la Raza Pura Sangre Inglés. En el análisis de Correspondencia las razas Asturcón, Jaca Navarra y Losina, son las que contriubyen en mayor medida a la diversidad genética, para el primer, segundo y tercer factor, respectivamente. De los tres métodos utilizados para asignar o excluir poblaciones como irigen de individuos, el método Bayesiano fue el que mejores resutlados aportó, estando la eficacia en la asignación correlacionada positivamente con el nivel de diferenciación genética existente entre las razas probables. Los microsatélites más eficaces en la asignación variaron con las razas involucradas pero existe una correlación positiva entre el número de marcadores empleados y la eficacia en la asignación, aunque los costes de genotipado no compensan un empleo de más de diez a doce marcadores genéticos con este propósito.
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