En este estudio se determinó el patrón de diversidad y diferenciación genética de las poblaciones naturales de caballa (Scomber colias, Gmelin1789) en el Atlántico y Mediterráneo Occidental. Para ello, se utilizaron ocho marcadores moleculares (microsatélites) y se analizaron 604 individuos procedentes de 14 puntos de muestreo. Todas las poblaciones se encontraban en desequilibrio de Hardy-Weinberg, presentando un déficit de heterocigóticos, debido posiblemente a la existencia de una subestructuración genética de las poblaciones, ya que durante las migraciones de los peces pelágicos tiene lugar la formación de cardúmenes, los cuales están constituidos por el reclutamiento de ejemplares de distintas cohortes. Los niveles de diversidad genética detectados en las áreas estudiadas fueron considerablemente elevados, siendo levemente superiores en el área del Mediterráneo Occidental, debido posiblemente a un flujo génico hacia el interior del Mar Mediterráneo desde las poblaciones localizadas en el Atlántico Noreste, albergando así mayores niveles de variabilidad genética. El análisis de los marcadores moleculares evidenció también una sutil, pero significativa diferenciación genética entre las poblaciones y las áreas estudiadas, detectándose tres grandes agrupaciones genéticas. Estos agrupamientos parecen depender de la oceanografía de las áreas tales como remolinos, filamentos y afloramientos, jugando un papel predominante en la distribución de huevos y larvas de S. colias, así como de las inestabilidades demográficas, reclutamientos locales y migraciones de adultos. Los resultados obtenidos han permitido disponer de un mayor conocimiento sobre la estructura y genética poblacional de S. colias en el océano Atlántico y mar Mediterráneo que, junto con la integración de datos de otras disciplinas, nos ha permitido elaborar un conjunto de recomendaciones para la gestión de este importante recurso pelágico.
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