Studying protein-ligand interactions using a Monte Carlo procedure

• Autores: Daniel Lecina Casas
• Directores de la Tesis: Victor Guallar Tasies (dir. tes.), Giancarlo Franzese (tut. tes.)
• Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2017
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Francisco Javier Luque Garriga (presid.), Pablo Chacon Montes (secret.), Benjamin R. Cousins (voc.)
• Programa de doctorado: Programa Oficial de Doctorado en Física
• Materias:
  • Física
    • Termodinámica
      • Equilibrios termodinámicos
  • Ciencias de la vida
    • Biofísica
      • Física médica
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  Dipòsit Digital de la UB  TDX 
• Resumen

  • Las simulaciones biomoleculares se han usado ampliamente en el estudio de interacciones proteína-ligando. Comprender los mecanismos involucrados en la predicción de afinidades de unión tiene una gran repercusión en la industria farmacéutica. A pesar de las dificultades intrínsecas en el muestreo del espacio de fases, mejoras de hardware y metodológicas hacen de las simulaciones por ordenador un candidato prometedor en la resolución de problemas biofísicos con alta relevancia. En este contexto, el objetivo de la tesis es el desarrollo de un protocolo que introduce un estudio más eficiente de las interacciones proteína-ligando, con vistas a diseminar PELE, un procedimiento de muestreo de Monte Carlo, en el diseño de fármacos. Nuestro principal foco ha sido sobrepasar las limitaciones de muestreo causadas por la rugosidad del paisaje de energías, aplicando nuestro protocolo para hacer analsis detallados a nivel atomístico en receptores nucleares de hormonas, receptores acoplados a proteínas G, tirosinasas y prolil oligopeptidasas, en colaboración con una compañía farmacéutica y de varios laboratorios experimentales. Con todo ello, esperamos que las metodologías presentadas en esta tesis ayuden a mejorar el diseño de fármacos.