Microdiversidad de especies bacterianas. Un estudio basado en multilocus sequence typing mlst
- Autores: Sergio Galan Bartual
- Directores de la Tesis: Francisco Rodriguez Varela (dir. tes.), Arantxa López López (codir. tes.)
- Lectura: En la Universidad Miguel Hernández de Elche ( España ) en 2007
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Antonio Ventosa Ucero (presid.), Alejandro Mira Obrador (secret.), Silvia G. Acinas (voc.), David Ruiz Arahal (voc.), Juan Carlos Rodríguez Díaz (voc.)
- Materias:
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- Resumen
El objetivo final del trabajo es el desarrollo de herramientas adecuadas para la caracterización y estudio de la distribución espacial de taxones procariótieos basadas en el análisis de los polimorfismos nucleotídicos.
Desarrollo de un esquema de tipado por secuenciación multilocica (MLST) para la caracterización de aislados clínicos de Acinetobacter baumannii. Se ha desarrollado y evaluado un esquema de tipado por MLST para A. baumannii, empleando 40 aislados clínicos obtenidos durante brotes epidémicos en hospitales de España y Alemania entre 1990 y 2001, así como otros aislados europeos y cepas de referencia de la DSMZ. Como controles se han utilizado dos aislados clínicos de Acinetobacter 13TU, dos aislados clínicos de Acinetobacter calcoaceticus y cepas de A.calcoaceticus obtenidas de la DSMZ pertenecientes todas ellas al complejo A.calcoaceticus-Abaumannii (Acb). Los cebadores de PCR fueron diseñados contra regiones conservadas de genes housekeeping: Citrato sintasa (gtlA), subunidad ß de la DNA girasa (gyrB), Deshidrogenasa de glucosa G (gdhB), Factor de recombinación homologo (recA), Chaperonina de 60-KDa (cpnd60), Glucosa 6-fosfato deshidrogenasa (gpi) y Factores de la polimerasa de ARN (rpoD). Se identificaron un total de 20 perfiles alélicos distintos para las cepas de A. baumannii estudiadas. Los datos obtenidos por MLST concordaron con los datos epidemiológicos generados por campo pulsado y la técnica de amplificación de fragmentos variables polimórficos (AFLP), lo que demuestra que el esquema de MLST desarrollado proporciona un elevado grado de resolución y es una excelente herramienta para el estudio de la estructura de la población y la epidemiología de A. baumannii. El análisis genético de genes housekeeping revela un ecotipo de profundidad de Alteromonas macleodii en el Mar Mediterráneo. Se ha analizado la diversidad genética de 19 aislados de Alteromonas macleodii procedentes de diversas áreas geográficas (océanos Pacífico e Índico, y diferentes partes del Mar Mediterráneo) y aisladas a diferentes profundidades (desde la superficie hasta 3500m). Para ello se han secuenciado en cada uno de los aislados fragmentos del gen 16S rRNA, el espaciador interno (ITS) entre los genes 16S y 23S rRNA y fragmentos de los genes codificantes: girasa B (gyrB) y subunidad beta de la RNA polimerasa (rpoB). Además, se ha utilizado la técnica de AFLP para caracterizar la similitud de las distintas cepas a nivel genómico. La mayor parte de esta similitud se ha visto reflejada en la existencia de un clúster de aislados procedentes de las profundidades del Mediterráneo y dos aislados del Mar Negro. En particular, los aislados de las zonas de profundidad muestran una serie de diferencias consistentes respecto del resto de aislados, indicando la presencia de un ecotipo específico adaptado a vivir a esas profundidades. La amplificación del gen gyrB y del ITS a partir de DNA total recuperado de aguas del Mediterráneo profundo y una muestra del Atlántico, revelaron la presencia del ecotipo de profundidad. Por otro lado, los aislados procedentes de aguas tropicales superficiales mostraron un remarcado nivel de semejanza con el primer aislado de A. macleodii obtenido en Hawai en 1972. Estos resultados muestran la existencia de dos linajes de distribución global y la presencia de ecotipos adaptados a condiciones específicas.
