Characterization of simple and complex genomic structural variation: a study of human populations and leukaemia

• Autores: Laia Bassaganyas Bars
• Directores de la Tesis: Xavier Estivill Palleja (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2013
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Lluís Armengol Dulcet (presid.), Núria López Bigas (secret.), Migel Angel Pujana Genestar (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Genética
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  e-Repositori UPF 
• Resumen

  • En los últimos diez años, las mejoras en técnicas moleculares y la aparición de una nueva generación de técnicas de secuenciación han revelado que existe una gran cantidad de variación estructural (SV, en inglés) en el genoma humano. En consecuencia, ha habido un aumento significativo del interés por parte de la comunidad científica para entender el papel que la SV juega en enfermedades como el cáncer, o en la determinación de características fenotípicas en la población general. El objetivo de esta tesis ha sido profundizar en la caracterización y la importancia funcional de la SV, analizando diferentes métodos para su detección y su impacto biológico en dos contextos específicos. En primer lugar, hemos analizado la presencia de variantes en nombre de copia en diferentes poblaciones humanas mediante una técnica de microarray y, a través de la validación de una de las regiones encontradas, hemos podido confirmar la fiabilidad de esta técnica para la detección de este tipo de SV. En segundo lugar, a través del proyecto del genoma de la leucemia linfática crónica (LLC), hemos caracterizado variantes estructurales en pacientes con LLC mediante la secuenciación completa del genoma. Para obtener un análisis lo más exhaustivo posible de la SV en genomas de cáncer, hemos desarrollado una herramienta computacional capaz de caracterizar y definir todas las formas posibles de SV utilizando datos de secuenciación. Con esta herramienta hemos podido detectar, por un lado, algunas variantes nuevas en LLC y, por otro lado, un alto nivel de complejidad genómica en algunos pacientes. A partir de este último caso, hemos hecho una evaluación del impacto fenotípico de un patrón complejo de SV en la progresión de la LLC, lo cual nos ha permitido determinar la importancia de analizar el cáncer como un proceso dinámico sometido a cambios evolutivos a lo largo del tiempo.