Diseño de un nuevo algoritmo para búsqueda de patrones en secuencias biológicas
- Autores: Raquel Tobes
- Directores de la Tesis: Eduardo Pareja Tallo (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Granada ( España ) en 2000
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Obdulio López Mayorga (presid.), Enrique Rafael Aznar García (secret.), Antonio Jesús Rodríguez Salas (voc.), Juan Luis Ramos (voc.), Joaquín Dopazo Blázquez (voc.)
- Materias:
- Texto completo no disponible (Saber más ...)
- Resumen
Se han diseñado un conjunto de algoritmos basados en autómatas deterministas finitos especialmente orientados a secuencias biológicas:
1- Autómata para búsqueda de patrones exactos 2- Autómata traductor: traduce todas las "reading-frames" pasando cada letra de la secuencia una sola vez por el autómata.
3- Autómata para comprimir textos 4- Autómata contador: cuenta todas las K-tuplas solapantes.
5- Autómatas busca-palabras compartidas: especialmente orientados a la búsqueda de similitudes locales dispersas independiente de alineamiento.
Todas estas herramientas son especialmente útiles estudiando secuencias biológicas para buscar patrones nuevos con significado funcional, para caracterizar grupos de secuencias y para buscar similitudes locales dispersas que pueden estar en la base de fenómenos de evolución convergente, mimetismo molecular y fenómenos autoinmunes.
Se han aplicado las máquinas busca-palabras compartidas para detectar una Relación entre la APP(proteína precursora de amiloide) y el BDNF (factor de crecimiento nervioso) que podría tener importantes repercusiones.
