Protein Interaction networks and their applications to protein characterization and cancer genes prediction

• Autores: Ramón Aragües
• Directores de la Tesis: Baldomero Oliva i Miguel (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2007
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Luis Serrano Pubull (presid.), Núria López Bigas (secret.), M. Kim Philip (voc.), Marc A. Marti-Renom (voc.), Robert Castelo Valdueza (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  e-Repositori UPF 
• Resumen

  • La importancia de comprender los procesos biológicos ha estimulado el desarrollo de métodos para la detección de interacciones proteína-proteína. Esta tesis presenta PIANA (Protein Interactions And Network Analysis), un programa informático para la integración y el análisis de redes de interacción proteicas. Además, describimos un método que identifica motivos de interacción basándose en que las proteínas con parejas de interacción comunes tienden a interaccionar con esas parejas a través del mismo motivo de interacción. Encontramos que las proteínas altamente conectadas (i.e., hubs) con múltiples motivos tienen mayor probabilidad de ser esenciales para la viabilidad de la célula que los hubs con uno o dos motivos. Finalmente, presentamos un método que predice genes relacionados con cáncer mediante la integración de redes de interacción proteicas, datos de expresión diferenciada y propiedades estructurales, funcionales y evolutivas. El valor de predicción positiva es 71% con sensitividad del 1%, superando a otros métodos usados independientemente.