Resumen de Development of a molecular simulator and its application to the study of biomolecular dynamics
Esta tesis trata de la creación de un nuevo software de código abierto y de una interfície de programación (API) para la realización de simulaciones (bio)moleculares, así como su aplicación posterior a problemas biológicos. El nuevo programa, Adun, se focaliza en las áreas clave del cálculo de energía libre, el desarrollo rápido de software y la productividad de alto rendimiento. Métodos como SCAAS, EVB y Born generalizado han sido implementados con el fín de cumplir el primer objetivo. La implementación de estas técnicas, además de otras, muestra la velocidad de desarrollo de Adun. Todas las características son accesibles mediante una avanzada interfície gráfica de usuario que provee de nuevas capacidades, como el tratamiento integrado de datos o la compartición de datos y cálculos distribuidos. La capacidad de Adun de tratar problemas biológicos es ilustrada con la investigación de la dinámica de la proteína Ras y el desarrollo, implementación y demostración de un nuevo método para la determinación de caminos de transición. Además, con el fín de demostrar el potencial del programa Adun, estos estudios también proporcionan una visión avanzada sobre el uso de la información dinámica para determinar la función de las proteínas. El estado actual del programa y los resultados de los dos estudios es discutido, y se dan indicaciones de los objetivos y direcciones futuros. Finalmente se examina el papel del científico computacional como desarrollador de herramientas para sí mismo y para toda la comunidad científica.
