Role of network topology based methods in discovering novel gene-phenotype associations

• Autores: Emre Guney
• Directores de la Tesis: Baldomero Oliva i Miguel (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2012
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Ben Lehner (presid.), Núria López Bigas (secret.), Patrick Aloy Calaf (voc.)
• Materias:
  • Matemáticas
    • Ciencia de los ordenadores
      • Informática
  • Ciencias de la vida
    • Biología molecular
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  e-Repositori UPF 
• Resumen

  • La célula se rige por interacciones complejas entre diferentes tipos de biomoléculas. Junto con factores ambientales, variaciones en el ADN pueden causar alteraciones en la función normal de los genes y provocar enfermedades. A menudo, estos fenotipos de enfermedad involucran una desregulación coordinada de múltiples genes implicados en vías interconectadas. Para comprender y caracterizar mejor los mecanismos subyacentes en enfermedades humanas, en esta tesis presento el programa GUILD, una plataforma que prioriza genes relacionados con una enfermedad en concreto haciendo uso de la topología de redes. A partir de un conjunto conocido de genes implicados en una enfermedad, GUILD asocia otros genes con la enfermedad mediante la topología global de la red de interacciones de proteínas. Además, analizo las relaciones mecanísticas entre genes asociados a enfermedades y explico la robustez que se desprende de este análisis. También presento GUILDify, un servidor web de fácil uso para la priorización de genes y su asociación a un determinado fenotipo. Finalmente, describo los métodos más recientes en que el modelaje de redes ha ayudado a extender el conocimiento de enfermedades complejas, como por ejemplo en cáncer.