On the study of 3D structure of proteins for developing new algorithms to complete the interactome and cell signalling networks

• Autores: Joan Planas
• Directores de la Tesis: Baldomero Oliva i Miguel (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2013
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Attila Gursoy (presid.), Patrick Aloy Calaf (secret.), Christina Kiel (voc.)
• Materias:
  • Química
    • Bioquímica
  • Ciencias de la vida
    • Biología molecular
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  e-Repositori UPF 
• Resumen

  • Las proteínas tienen un papel indispensable en virtualmente todo proceso biológico. Las funciones de las proteínas son determinadas por su estructura tri-dimensional (3D) y se coordinan por medio de una compleja red de interacciones proteicas (en inglés, "protein-protein interactions", PPIs). Así pues, una comprénsión en profundidad de estas redes es fundamental para enenteder la biología celular. En los últimos años, el uso de técnicas computacionales se ha demostrado fundamental para el análisis de redes de interacción de proteínas. Los métodos "in silico" aprovechan el conocimeinto actual sobre interacciones proteicas para realizar predicciones de nuevas interacciones o de las funciones de las proteínas.Actualmente existen distintos métodos para la predicción de nuevas interacciones de proteínas. A pesar de ésto, resultados recientes demuestran que estos métodos pueden beneficiarse del conocimiento sobre pares de proteínas que no interaccionan (en ingles, "non-interacting pairs", NIPs). Para predecir la función de las proteínas, el principi de "culpable por asociación" (en inglés, "guilt by association", GBA) se usa para extender la anotación de proteínas de función conocida a través de redes de interacciones de proteínas. En esta tesis se presenta un nuevo método para la predicción de interacciones proteicas y un nuevo protocolo basado en GBA para completar redes de señalización celular. iLoops es un método que utiliza datos de pares no interaccionnantes y conocimiento de la estructura 3D de las proteínas para predecir nuevas interacciones proteicas. También se ha desarrollado un nuevo protocolo para completar las redes de señalización celular, una tarea relacionada con la predicción de la función de las proteínas. Este protocolo se basa en un análisis retrospectivo y en la aplicación del principio de GBA a redes de interacciones proteicas.