Resumen de Assessing the relationship between chromatin and splicing factors in alternative splicing
Las proteínas que se unen al DNA o al RNA pueden influir el splicing alternativo. Sin embargo, no ha habido aún una exploración sistemática de la relación entre estos dos tipos de factores en su acción sobre el splicing. En esta tesis hacemos uso de datos públicos de secuenciación de alto rendimiento para explorar esta cuestión a escala de todo el genoma. Hemos hecho un uso sistemático de la construcción de perfiles de información genómica para abordar esta cuestión. Debido a que los métodos comúnmente utilizados para construir perfiles hace sólo comparaciones cualitativas, la primera tarea de esta tesis consistió en desarrollar un método para cuantificar perfiles e implementarlo en una herramienta bioinformática, ProfileSeq, la cual hemos validado mediante la reproducción de resultados previamente descritos en la literatura. Posteriormente, ProfileSeq se usó con datos de actividad de unión al DNA o al RNA de distintas proteínas para estudiar la relevancia en el splicing. Se encontraron varias asociaciones significativas. Entre ellas, la del factor de transcripción CTCF y la proteína de unión a RNA LIN28A. De manera similar, se encontró una relación entre SPI1 y proteínas de unión a RNA que se unen a motivos ricos en AC, como hnRNPL. Estos resultados representan relaciones putativas relevantes para el splicing, ya que se alcanzaron por más de un método diferente y usando datos independientes, También mostramos evidencia de que CTCF actúa como una barrera entre las regiones intragénicas de marcaje diferencial con H3K4me3. También se describen otros resultados de interés potencial tanto para la bioinformática como para la biología molecular.
