Los desafíos actuales de la Química Analítica pasan por desarrollar estrategias analíticas con alta sensibilidad y selectividad con el fin de resolver los problemas científicos analíticos e industriales de hoy en día. En este sentido, las técnicas de separación y micro-separación (Cromatografía Líquida y Electroforesis Capilar) juegan un papel de suma importancia, especialmente cuando se combinan con la espectrometría de masas, con fin de lograr la determinación de moléculas biológicamente activas (principios activos o péptidos bioactivos) y para investigar el metaboloma de matrices complejas.
Un área importante de investigación es la relacionada con el estudio de moléculas con actividad biológica. Los péptidos bioactivos se pueden definir como fragmentos específicos de proteínas cuya ingesta puede tener un impacto positivo sobre la salud humana. Así, el interés por la identificación y aislamiento de péptidos bioactivos ha crecido recientemente con el fin de desarrollar alimentos funcionales y medicamentos.
Otra área de investigación importante es la caracterización de un sistema complejo mediante la obtención de su huella digital o el perfil metabómico (metaboloma) y posterior tratamiento estadístico de los datos para proponer moléculas marcadoras del sistema y desarrollar metodologías analíticas para su cuantificación. El objetivo fue aplicarlo al análisis de azafrán como un modelo de matriz compleja ya que contiene moléculas bioactivas
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