La base de datos de reguladores transcripcionales bactregulators y aplicaciones bioinformáticas al análisis del genoma de pseudomonas
- Autores: Manuel Martínez Bueno
- Directores de la Tesis: Juan Luis Ramos (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Granada ( España ) en 2006
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Rafael Salto González (presid.), M. Coral del Val Muñoz (secret.), Fernando Rojo (voc.), Tino Krell (voc.), Ildefonso Cases (voc.)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: DIGIBUG
- Resumen
La transcripción constituye la componente principal del control de la expresión genética. El primer nivel en la jerarquía del control de la transcripción es el factor sigma de la ARN polimerasa que determina la especificidad por el promotor. En un segundo nivel se situan los factores transcripcionales, tanto activadores ccomo represores.
En este trabajo se datectan, describen y estudian los factores sigma presentes en el genoma de Pseudomonas putida KT2440 y se comparan con el represtorio de factores sigma del microorganismo filogenéticamente más próximo en la fecha del estudio, Pseudomonas aeruginosa PAO1.
Además construimos un perfil convencional que define a la familia TetR de represores de la transcripción, procediendo al estudio general de la familia. Del análisis de los co-cristales ADN/proteína disponibles se deduce un modelo de interacción con el ADN para los miembros de la familia y se hace la predicción de los residuos de interacción con el ADN para los 2353 miembros de la familia TetR seleccionados por nuestro perfil.
La infromación reccopilada en el estudio de la familia TetRse ha organizado en una base de datos. Para ellos hemos construído la base de datos de reguladores transcripcionales BacTregulators que actualiza e incluye a la anterior AraC-XylS. La entrada de BacTregulators se define a cuatro niveles: (1) secuencia de aminoácidos, (2) nivel taxonómico del organismo fuente, (3) elemento de genoma en el que está en gen que codifica a la secuencia, y (4) posición del gen en el elemento de genoma. Con esta estrucutra se evita la redundancia. La información contenida en la entrada es de dos tipos: información extraída automáticamente de otrass bases de datos e información extraída manualmente de las referencias bibliográficas. Esta última se organiza en párrafos referenciados individualmente a la ficha Medline del trabajo del que se extrajo. Además se incluye el dato 'evidencia 'experimental' en apoyo de lo dicho
