Se ha estudiado la regulación de la fijación del dinitrógeno en diversas estirpes de rodospiriláceas así como la asimilación reductiva del nitrato y las vías de incorporación del amonio a compuestos carbonados. Rhodopseudomonas capsulata eifi asimila nitrato y nitrito en condiciones fototróficas incorporando el amonio resultante por la ruta glutamina sintetasa/glutamato sintasa aunque en determinadas condiciones tróficas o cuando esta ruta se encuentra inhibida la asimilación del amonio tiene lugar por la via alanina deshidrogenasa/alanina: 2-oxoglutarato aminotransferasa. La fijación del dinitrógeno se inhibe por amonio, nitrato y nitrito. El nitrato debe ser reducido hasta nitrito mediante la nitrato reductasa para que ejerza su efecto inhibidor. El amonio a diferencia del nitrato y del nitrito además de inhibir reprime la síntesis de la enzima. La nitrogenasa se inhibe por oxígeno pero esta inhibición es menor en presencia de hidrógeno o tras una preincubacion con oxígeno por lo que la fotoproducción de h2 podría ser un mecanismo de protección.
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