Towards Objective Human Brain Tumours Classification using DNA microarrays

• Autores: Xavier Castells Domingo
• Directores de la Tesis: Carles Arús i Caraltó (dir. tes.), Anna Barceló Vernet (dir. tes.), Joaquín Ariño Carmona (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2009
• Idioma: inglés
• Tribunal Calificador de la Tesis: Isidro Ferrer Abizanda (presid.), Anna Maria Bassols Teixidó (secret.), Geert Jurjen Postma (voc.)
• Materias:
  • Matemáticas
    • Estadística
      • Técnicas de predicción estadística
  • Ciencias de la vida
    • Genética
  • Ciencias médicas
    • Patología
      • Neuropatología
      • Oncología
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  DDD 
• Resumen

  • Els tumors de cervell humans (HBTs) són uns dels càncers més agressius i intractables. El sistema actual de diagnosi i prognosi dels HBTs es basa en l'examinació histològica d'un tall de biòpsia, el qual es considera el sistema de referència ("gold¬standard"). A més de ser invasiva, aquesta tècnica no és prou acurada per a diferenciar els graus de malignitat de determinats HBTs i la correlació amb la resposta del pacient a la teràpia sol ser variable. En aquest context, les signatures gèniques obtingudes a partir de microarrays de DNA poden millorar els resultats del "gold-standard". En aquesta tesi, vaig recollir 333 biòpsies de varis tipus de HBTs. Com un 38% de les mostres tenien l'RNA degradat, vam avaluar si el tipus de HBTs, el contingut aparent de sang de la biòpsia i el medi de recollida de la biòpsia hi afectaven. Com no vam determinar cap relació, hipotetitzo que un temps variable d'isquèmia a temperatura normal del cos abans de l'extracció de la biòpsia podria induir la degradació de l'RNA. Això va ser avaluat en un tumor glial pre-clínic desenvolupat en ratolí. Es va detectar que 30 minuts de temps d'isquèmia afecta la integritat del RNA en tumors no necròtics, però no en els necròtics. Una part crucial de la tesi va ser la demostració com una "prova de principis" de l'habilitat de les signatures gèniques per a predir objectivament els HBTs. Això es va mostrar mitjançant una predicció perfecta de glioblastoma multiforme (Gbm) i meningioma meningotelial (Mm) utilitzant microarrays de cDNA i microchips d'Affymetrix. Els histopatòlegs poden discriminar perfectament aquests dos tipus de tumors, però aquest treball demostra una predicció perfecta utilitzant una fórmula matemàtica objectiva. Un cop es va demostrar això, em vaig sentir confiat per a predir diferents graus de malignitat i possibles subtipus moleculars de tumors glials. En aquest sentit, es va descriure una signatura gènica basada en l'expressió de 59 transcrits, la qual va distingir dos grups de glioblastomes. Finalment, una anàlisi inicial de les dades clíniques associades suggereix que la signatura gènica podria correlacionar amb glioblastomes primaris i secundaris.