On the impact of hidden modeling assumptions on living systems- predictive dynamics

• Autores: Ivan Mura
• Localización: Revista ONTARE, ISSN-e 2745-2220, ISSN 2382-3399, Vol. 2, Nº. 1, 2014 (Ejemplar dedicado a: Innovación tecnológica y desarrollo), págs. 85-106
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • L’impact des hypothèses de modélisation sur les dynamiques prévisibles des systèmes vivants
  • Impacto de suposições escondidas de modelagem em dinâmica predita de sistemas vivos
  • El impacto de los supuestos no explícitos en las predicciones de las dinámicas de sistemas vivos
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• Resumen
  • español

    ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA This paper aims at showing the predictive modeling of living systems, particularly some commonly structured modeling assumptions which simplify the behavior of living systems. It also takes into account the stochastic modeling of basic gene expression mechanisms, such as transcription and translation, reaffirming the effect that simplifications have on the predictive behavior of living systems. These mechanisms rely on the basis of most gene expressions, signaling pathways and protein- protein interaction network models. This paper states that the usage of naïve modeling abstractions may result in predictive behaviors that are quite far from reality.

  • English

    ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA Este artículo, tiene como objetivo mostrar el modelado predictivo de los sistemas vivos, en particular algunos supuestos del modelo comúnmente estructurado, que simplifican el comportamiento de los sistemas vivos. También, tiene en cuenta el modelado estocástico de los mecanismos básicos de expresión génica, tales como la transcripción y la traducción, reafirmando el efecto que tienen las simplificaciones en el comportamiento predictivo de los sistemas vivos. Estos mecanismos, dependen de la mayoría de las expresiones de genes, las vías de señalización y los modelos de red de interacción proteína-proteína. Este artículo, se señala que el uso de abstracciones de modelados ingenuos, pueden dar lugar a comportamientos predictivos lejanos de la realidad.

  • français

    ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA Cet article traite de la modélisation prédictive des systèmes vivants et en particulier de certaines hypothèses de modélisation exposant les simplifications du comportement des systèmes. Nous examinerons ici la modélisation stochastique de base des mécanismes d’expression tels que la transcription et la traduction, ainsi que l’effet que certaines simplifications peuvent produire sur le comportement prévisible des systèmes vivants. Ces mécanismes sont à l’origine de la plupart des expressions génétiques, des modèles d’interactions en réseau de type protéine-protéine. Nous montrerons que l’utilisation de modélisations simples peut entraîner des comportements prévisibles assez loin de la réalité.

  • português

    ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA Este artigo abrange a modelagem preditiva de sistemas vivos, e em particular algumas suposições comuns de modelagem que levam a simplificações no comportamento dos sistemas. Será considerada a modelagem estocástica dos mecanismos básicos de expressão gênica, como transcrição e tradução, para estabelecer o efeito que as simplificações têm no comportamento predito de sistemas vivos. Estesmecanismos estão na base da maioria da expressão gênica, mostrandocaminhos e modelos de redes de interação proteína-proteína. Mostraseque o uso ingênuo de abstrações de modelagem pode levar acomportamentos preditos que estão muito longe da realidade.