Origen del perfil de mutaciones presente en las secuencias de SARS-CoV-2 en El Salvador

• Ortega Pérez, Carlos Alexander ^[1] ; Rivera, Noé Rigoberto ^[1] ; Sandoval López, Xochitl ^[2] ; Hernández Ávila, Carlos Enrique ^[3]
  1. [1] Universidad de El Salvador

     Universidad de El Salvador

     El Salvador

     
  2. [2] Dirección, Instituto Nacional de Salud, San Salvador, El Salvador
  3. [3] Departamento de Gobernanza, Instituto Nacional de Salud, San Salvador, El Salvador

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• Localización: Revista Minerva, ISSN-e 2521-8794, Vol. 5, Nº. 2, 2022, págs. 9-22
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Origin of the mutation profile present in SARS-CoV-2 sequences in El Salvador
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    Introducción. En el presente trabajo se describe el perfil de mutación y se analizan los distintos mecanismos responsables de las mutaciones en las primeras 6 secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños con diagnóstico de COVID-19. Objetivo. Analizar el perfil de mutaciones de acuerdo a los mecanismos que dan origen a las mutaciones presentes en SARS-CoV-2. Metodología. Se realizó un análisis de los cambios en las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 utilizando como referencia la secuencia Wuhan (NC_045512.2), una vez conocidas las mutaciones, se procedió a tabular y generar gráficos de los SNPs y los genes afectados, además se analizó los posibles mecanismos descritos responsables de generar las mutaciones analizadas. Resultados. El análisis reveló que las mutaciones encontradas han sido reportadas a nivel mundial, sin embargo, las secuencias presentan mayor semejanza con los cambios descritos en Norte América, sumado a ello, el análisis global permitió clasificarlas en el caldo GISAID GH, y linaje pangolín B.1.2 y B.1.370, ambos linajes con una alta prevalencia en EUA, lo cual refuerza la hipótesis del origen norteamericano de las secuencias salvadoreñas. El patrón de cambios del genoma de SARS-CoV-2 en El Salvador, sugiere que las mutaciones son debidas a la acción de las desaminasas APOBEC (transición C>T) y ADARs (transición A>G), al efecto de especies reactivas de oxígeno (ROS) (transversión G>T), a errores propios del complejo replicación transcripción (RTC) que escapan a la corrección de la actividad exonucleasa de NSP14 y eventos de recombinación.

  • English

    Introduction: This paper describes the mutation profile and analyzes the different mechanisms responsible for mutations in the first 6 complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients diagnosed with COVID-19. Objective: To analyze the mutation profile according to the mechanisms that give rise to the mutations present in SARS-CoV-2. Methodology: An analysis of the changes in the genome sequences of SARS-CoV-2 was performed using as reference the Wuhan sequence (NC_045512.2), once the mutations were known, we proceeded to tabulate and generate graphs of the SNPs and affected genes. The possible described mechanisms responsible for generating the mutations studied were also analyzed. Results: The analysis revealed that the mutations found have been reported worldwide, however, the sequences present greater similarity with the changes described in North America, added to this, the global analysis allowed classifying them in the GISAID GH broth, and pangolin lineage B.1.2 and B.1.370, both lineages with a high prevalence in the USA, which reinforces the hypothesis of the North American origin of the Salvadoran sequences. The pattern of changes in the SARS-CoV-2 genome in El Salvador suggests that the mutations are due to the action of APOBEC deaminase (C>T transition) and ADARs (A>G transition), to the effect of reactive oxygen species (ROS) (G>T transversion), to errors in the replication transcription complex (RTC) that escape the correction of the exonuclease activity of NSP14 and finally mutations as a result of recombination mechanisms.