Detección de variantes del SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú, 2022

• Pool Marcos-Carbajal ^[1] ; José Yareta-Yareta ^[1] ; Miguel Otiniano-Trujillo ^[1] ; Marco Galarza-Pérez ^[5] ; Abraham Espinoza-Culupu ^[2] ; Jorge L. Ramirez-Melgar ^[2] ; Mario Chambi-Quispe ^[6] ; Néstor Alejandro Luque-Chipana ^[1] ; Rosmery Gutiérrez Ajalcriña ^[7] ; Victor Sucñer Cruz ^[8] ; Segundo Nicolas López Chegne ^[9] ; Diana Santillán Ruiz ^[10] ; Luis Felipe Segura Chavez ^[1] ; Cinthia Esther Sias Garay ^[1] ; Alberto Salazar Granara ^[11] ; Pablo Tsukayama Cisneros ^[3] ; Silvana Teresa Tapia Paniagua ^[4] ; Carmen María González-Domenech ^[4]
  1. [1] Universidad Peruana Unión

     Universidad Peruana Unión

     Perú

     
  2. [2] Universidad Nacional Mayor de San Marcos

     Universidad Nacional Mayor de San Marcos

     Perú

     
  3. [3] Universidad Peruana Cayetano Heredia

     Universidad Peruana Cayetano Heredia

     Perú

     
  4. [4] Universidad de Málaga

     Universidad de Málaga

     Málaga, España

     
  5. [5] Instituto Nacional de Salud
  6. [6] Hospital Carlos Monge Medrano
  7. [7] Hospital de Huaycan
  8. [8] Hospital Regional del Cusco
  9. [9] Hospital Regional de Cajamarca
  10. [10] Hospital de Tarapoto
  11. [11] Universidad San Martin de Porres

  Mostrar afiliaciones +
• Localización: Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, ISSN-e 1726-4642, ISSN 1726-4634, Vol. 41, Nº. 2, 2024, págs. 140-145
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Detection of SARS-CoV-2 variants in hospital wastewater in Peru, 2022
• Enlaces
  • Texto completo
• Resumen
  • español

    RESUMEN Objetivo. Identificar la presencia del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de agua en los efluentes de nueve hospitales del Perú durante marzo y septiembre de 2022 y se realizó la identificación de SARS-CoV-2 mediante secuenciación Illumina. Las asignaciones de variantes, linajes y clados se llevaron a cabo con las herramientas Illumina y Nextclado. Verificamos si las variantes de SARS-CoV-2 obtenida de las aguas residuales fueron similares a las reportadas por el Instituto Nacional de Salud del Perú procedentes de pacientes durante el mismo período y región. Resultados. Dieciocho de las 20 muestras de aguas residuales hospitalarias (90%) proporcionaron secuencias con la calidad suficiente para ser clasificadas como variante Ómicron según la clasificación de la OMS. Entre ellos, seis (30%) fueron asignados por Nextclade a los clados 21K linaje BA.1.1 (n=1), 21 L linaje BA.2 (n=2) y 22B linajes BA.5.1 (n=2) y BA.5.5 (n=1). Conclusiones. Se encontraron variantes del SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales hospitalarias y que fueron similares a las reportadas por el sistema de vigilancia en pacientes durante las mismas semanas y áreas geográficas. El monitoreo de aguas residuales podría proporcionar información sobre la variación ambiental y temporal de virus como el SARS-CoV-2.

  • English

    ABSTRACT Objective. To identify the presence of the SARS-CoV-2 virus in wastewater from hospitals in Peru. Materials and methods. Water samples were collected from the effluents of nine hospitals in Peru during March and September 2022. SARS-CoV-2 was identified by using Illumina sequencing. Variant, lineage and clade assignments were carried out using the Illumina and Nextclado tools. We verified whether the SARS-CoV-2 variants obtained from wastewater were similar to those reported by the National Institute of Health of Peru from patients during the same period and region. Results. Eighteen of the 20 hospital wastewater samples (90%) provided sequences of sufficient quality to be classified as the Omicron variant according to the WHO classification. Among them, six (30%) were assigned by Nextclade to clades 21K lineage BA.1.1 (n=1), 21L lineage BA.2 (n=2), and 22B lineages BA.5.1 (n=2) and BA .5.5 (n=1). Conclusions. SARS-CoV-2 variants were found in hospital wastewater samples and were similar to those reported by the surveillance system in patients during the same weeks and geographic areas. Wastewater monitoring could provide information on the environmental and temporal variation of viruses such as SARS-CoV-2.