Resumen de Implementación de una arquitectura web para la ejecución de flujos de trabajo en bioinformática

Gustavo Salazar, Yesid Cuesta-Astroz, Oscar E Restrepo, Fernando Barraza

• español

  Con el advenimiento de las tecnologías para la generación masiva de datos de secuencias, en la bioinformática ha surgido recientemente la necesidad de automatizar la ejecución de las herramientas utilizadas para analizar e integrar la gran cantidad de información que es objeto de estudio por parte de sus usuarios. En este campo, una de las aproximaciones es la utilización de sistemas de flujos de trabajo. Al respecto, este trabajo analiza las características particulares de dichos flujos de trabajo, su función y su interrelación con los demás componentes de una plataforma de análisis bioinformático. Como resultado del análisis, se presenta una propuesta de arquitectura de software de una herramienta Web que permite la extensión funcional de diferentes sistemas de flujos de trabajo. Al final, se presentan los resultados de la implementación de un prototipo de software de la herramienta y la ejecución de una prueba de concepto en un caso real.

• English

  With the incoming of the massive data generation technologies in bioinformatics, the need to automate the execution of routine processes to analyze and integrate great amount of data has recently emerged. In this field, one approach is based on workflows. In this paper, specific workflow characteristics, and the functions and interrelations with all the other components of a bioinformatics platform, are discussed. As an outcome, a proposal of software architecture for a Web tool is presented, which allows the execution and functional extension of several workflow systems. Finally, we show both the implementation results of a software prototype for the tool and the execution of a proof-of-concept in a real case.