Phylogenetic analysis of avian influenza viruses from migratory waterfowl at Pacific wetlands

• Isa Haspra, Pavel ^[1] ; Paulin, Luis Felipe ^[1] ; Hernández, Jesús ^[2] ; Montalvo-Corral, Maricela ^[2] ; López, Susana ^[1] ; Arias, Carlos F. ^[1]
  1. [1] Universidad Nacional Autónoma de México

     Universidad Nacional Autónoma de México

     México

     
  2. [2] Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo

     Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo

     México

     
• Localización: Veterinaria México, ISSN 0301-5092, Vol. 9, Nº. 1, 2022
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Análisis filogenético de los virus de la influenza aviar de aves acuáticas migratorias en los humedales del Pacífico
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• Resumen
  • español

    La vigilancia de los virus de la influenza A (IAV) en aves acuáticas migratorias es de gran importancia, dada la posibilidad de transmisión a huéspedes susceptibles y la introducción de subtipos virales, incluidas cepas altamente patógenas, a nuevas regiones geográficas. Los VIA fueron identificados previamente en aves migratorias en dos humedales ubicados en México durante dos temporadas de invernada. Utilizando la secuenciación de próxima generación, trece muestras de ARN de los hisopos cloacales muestreados en el campo se sometieron a una secuenciación del genoma completo. Se obtuvieron siete genomas completos de IAV, mientras que las seis muestras restantes proporcionaron resultados parciales. Se identificaron ocho combinaciones diferentes de hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA) en las muestras analizadas, mientras que el análisis de los genes restantes en siete muestras del genoma completo demostró cuatro combinaciones diferentes de segmentos virales, lo que sugiere una diversidad de IAV circulantes. El análisis filogenético de muestras cuyos genomas completos fueron secuenciados mostró que están estrechamente relacionados con el IAV norteamericano, con algunos segmentos (NP, H6 y H11) relacionados con el virus euroasiático. El uso de tecnologías de alto rendimiento permitió la caracterización genética de muestras de campo y contribuyó a fomentar nuestro conocimiento sobre la genómica del IAV y la circulación del virus en México, una región poco estudiada pero relevante desde el punto de vista biológico y epidemiológico, destacando así la necesidad de futuros estudios en los humedales mexicanos

  • English

    The surveillance of influenza A viruses (IAV) in migratory waterfowl is of great importance, given the possibility of transmission to susceptible hosts and introduction of viral subtypes, including highly pathogenic strains, to new geographic regions. IAV were previously identified from migratory birds in two wetlands located in Mexico during two wintering seasons. Using next-generation sequencing, thirteen samples of RNA from the field sampled cloacal swabs were subjected to whole genome sequencing. Seven whole IAV ge-nomes were obtained, while remaining six samples provided partial results. Eight different hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) combinations were identified in analyzed samples, while the analysis of the remaining genes in seven whole genome samples demonstrated four different combinations of viral segments, suggesting a diversity of circulating IAV. Phylogenetic analysis of samples whose whole genomes were sequenced showed that they are closely related to North American IAV, with some segments (NP, H6 and H11) related to the Eurasian virus. The use of high-throughput technologies enabled genetic characterization of field samples and contributed to fostering our knowledge of IAV genomics and virus circulation in Mexico, a lowly surveyed but biological and epidemiological relevant region, thus highlighting the need for future studies in Mexican wetlands.