Del genoma humano a su pangenoma pasando por los consorcios ENCODE y T2T

• M. Gonzalo Claros ^[1]
  1. [1] Universidad de Málaga

     Universidad de Málaga

     Málaga, España

     
• Localización: Encuentros en la Biología, ISSN-e 1134-8496, Vol. 15, Nº. 182, 2022, págs. 23-33
• Idioma: español
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• Resumen
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    Llevamos 21 años explotando un genoma humano quimérico lleno de huecos. Afortunadamente, sabemos que hay mucho más que genes codificantes gracias a que el consorcio ENCODE lo ha escudriñado a fondo. Entre los hallazgos más inesperados están que más del 75 % del genoma se transcribe, que cada gen sufre 6,3 tipos de ayuste alternativo y fabrica 4 transcritos distintos, que tenemos muchísimas regiones reguladoras repartidas por el genoma y, lo más sorprendente de todo, que desde el punto de vista transcripcional solo tenemos cinco tipos de células diferentes. En estos 21 años no solo hemos mejorado aquella primera secuencia y conocemos mejor para qué sirven las secuencias genómicas, sino que también hemos pasado de una secuenciación indiscriminada preamplificada de lecturas cortas (75 a 600 nt) a una secuenciación molécula a molécula que proporciona miles de bases contiguas. Gracias a ello se acaba de publicar el primer genoma humano completo (salvo el cromosoma Y), no quimérico y sin huecos, que está abriendo nuevas puertas a la genómica y la medicina, incluida la obtención del pangenoma humano que recoja toda la diversidad genética de nuestra especie.

  • English

    We have been exploiting a chimeric human genome full of gaps for 21 years. Fortunately, we know that the genome has more than coding genes because the ENCODE Consortium scrutinised it in depth. Among the most unexpected findings are that more than 75 % of the genome is transcribed, that each gene undergoes 6.3 types of alternative splicing and makes 4 different transcripts, that there are many, many regulatory regions scattered throughout the genome and, the most surprising of all, that there are only five transcriptionally different cell types. In these 21 years, the initial sequence has been improved and a better understanding of what genomic sequences are for was achieved. But research has also moved from indiscriminate pre-amplified sequencing of short reads (75 to 600 nt) to single molecule sequencing that provides thousands of contiguous bases. Consequently, the first complete, non-chimeric, human genome (except for the Y chromosome) without gaps has just been published, opening new doors to genomics and medicine, including obtaining the human pangenome to gather the whole genetic diversity of our species.