En los ecosistemas marinos el zooplancton tiene un alto potencial como indicador. El zooplancton es abundante, fácil de recolectar y en un tiempo corto refleja los cambios del ambiente marino. El uso de especies indicadoras de masas de agua y de corrientes marinas está bien establecido, siendo los eufáusidos y los copépodos los crustáceos más utilizados para rastrear la circulación de gran escala, los remolinos y el flujo de Ekman. El zooplancton también se ha usado como indicador de variabilidad climática a diversas escalas (estacional, interanual, decadal, cambio climático). En México el evento El Niño 1997-1998 despertó un gran interés y diversos estudios documentaron un notable aumento de especies típicas de la zona oceánica ecuatorial las cuales habían sido acarreadas aparentemente hacia las zonas costeras y hacia latitudes subtropicales (p. ej. el copépodo Subeucalanus subtenuis y el eufáusido Euphausia eximia). Otro tema que ha recibido interés es la relación que guardan las comunidades de zooplancton con las estructuras de mesoescala tanto en Golfo de México como en la Corriente de California. Los anfípodos hipéridos han resultado los mejores indicadores al analizar ensambles de especies que son retenidos en los remolinos, aunque no en todos los casos, debido probablemente a que algunos remolinos tienen tiempos de vida cortos y se mezclan rápidamente con el agua circundante. Es necesario establecer programas de monitoreo y reforzar los que actualmente existen tanto en aguas costeras como oceánicas, a fin de generar series de tiempo lo suficientemente largas que permitan explotar a las especies de zooplancton como potenciales indicadores del cambio climático. Se analiza el uso de biomarcadores como los pigmentos fitoplanctónicos y los ácidos grasos, los cuales pueden proporcionar información sobre la transferencia de materia en las redes tróficas y como factor de condición.
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