Se presenta una revisión del papel de los hongos como bioindicadores. Se puede utilizar la diversidad fúngica o la presencia y/o abundancia de ciertas especies para evaluar el grado de disturbio o salud de un bosque, la calidad del suelo, o la presencia de contaminantes ambientales. También pueden servir como indicadores ecológicos, al reflejar ciertas condiciones presentes, como influencia tropical en un bosque de pino y encino. Los líquenes u hongos liquenizados (asociaciones de hongos con fotobiontes), se utilizan desde hace varios años por ser excelentes indicadores de la calidad del aire, debido a la sensibilidad que tienen a los contaminantes atmosféricos. Se mencionan además los estudios en México sobre los hongos y líquenes en esta temática, que desafortunadamente todavía son escasos, a pesar de su gran importancia. Finalmente, se aborda la micoremediación, donde la función de estos organismos es realizar transformaciones biogeoquímicas así como absorber, acumular y remover contaminantes. Sin embargo, aún quedan diversos aspectos que deben ser estudiados antes de que los hongos se puedan aplicar en forma inequívoca y masivaen micoremediación.
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