Resumen de Calidad de los fenotipos humanos en pacientes con discapacidad intelectual con estudios de secuenciación de exoma en un hospital pediátrico peruano

Pedro Custodio Sánchez, Hugo H. Abarca Barriga

• español

  Introducción. La secuenciación masiva y la ontología del fenotipo humano han revolucionado el diagnóstico genético, permitiendo una comprensión más clara de las enfermedades. Los fenotipos descritos en las historias clínicas pueden ser específicos o generales, cuanto más detallada y específica sea la descripción, mayor será la calidad de la información. Objetivos. Determinar la relación entre la calidad de los fenotipos humanos en pacientes con discapacidad intelectual y los hallazgos de secuenciación masiva en el Instituto Nacional de Salud del Niño durante el período 2020-2023. Métodos. Se analizaron 124 pacientes con discapacidad intelectual con secuenciación de exoma. Se evaluó la calidad de los fenotipos humanos mediante diferentes índices de calidad. Resultados. Se identificaron 278 términos fenotípicos humanos. La precisión fenotípica mejoró después del filtrado, destacando la importancia de descripciones fenotípicas específicas (de 103 a 86 términos únicos). El índice de especificidad del conjunto de datos fue más bajo en el grupo con variantes de significado incierto, en comparación con el grupo con variantes patogénicas (0 vs. 0,05). Los fenotipos más frecuentes fueron el retraso psicomotor (12,9% - 15,9%) y la microcefalia (4,5% - 5,2%). Conclusiones. Se destaca la importancia de evaluar la calidad de los fenotipos humanos. La presencia de variantes inciertas sugiere una complejidad genotipo-fenotipo, subrayando la necesidad de mayor claridad en la interpretación genética. La consistencia de los coeficientes de IC y el índice de especificidad del conjunto de datos, muestra la competencia del personal médico-genetista local.

• English

  Introduction. Massive sequencing and the Human Phenotype Ontology have revolutionized genetic diagnosis, allowing for a clearer understanding of diseases. The phenotypes described in medical records can be specific or general, the more detailed and specific the description, the higher the quality of the information. Objectives. To determine the relationship between the quality of human phenotypes in patients with intellectual disability and the findings from massive sequencing test at the Instituto Nacional de Salud del Niño. Methods. We analyzed 124 patients with intellectual disabilities with exome sequencing. The quality of human phenotypes was evaluated using different quality index. Results. A total of 278 human phenotype terms were identified. Phenotypic precision improved after filtering, highlighting the importance of specific phenotypic descriptions (from 103 to 86 unique terms). The specificity index of the dataset was lower in the group with variants of uncertain significance compared to the group with pathogenic variants (0 vs. 0.05). The most frequent phenotypes were psychomotor delay (12.9% - 15.9%) and microcephaly (4.5% - 5.2%). Conclusions. The importance of evaluating the quality of human phenotypes is highlighted. The presence of uncertain variants suggests a genotype-phenotype complexity, emphasizing the need for greater clarity in genetic interpretation. Consistency in confidence intervals and the specificity index of the dataset underscores show the competence of local medical-genetic personnel.