Caracterización del aceite esencial de clinopodium revolutum y estudio computacional de sus compuestos bioactivos contra el cáncer

• Autores: Reneé Isabel Huamán Quispe, Jesús Alvarado-Huayhuaz, Karina dos Santos Machado, Ana Cecilia Valderrama Negrón
• Localización: Revista de la Sociedad Química del Perú, ISSN-e 2309-8740, ISSN 1810-634X, Vol. 89, Nº. 1, 2023, págs. 1-13
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Characterization of the essential oil of clinopodium revolutum and computational study of its bioactive compounds against cancer
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    RESUMEN El cáncer es una de las principales causas de muerte en todo el mundo. La búsqueda de compuestos bioactivos contra el cáncer se potencia con el uso de herramientas computacionales y las bases de datos moleculares. Clinopodium Revolutum (CR) es una planta empleada con fines medicinales en diferentes males, sin embargo, hacen falta mayores estudios científicos que respalden su bioactividad. En este trabajo se analizan 55 componentes en el aceite esencial de CR, identificados por GC-MS, con potencial actividad anticancerígena mediante estudios in silico. Se seleccionaron los receptores de fármacos anticancerígenos, como la quinasa dependiente de ciclina 2 (CDK-2), la quinasa dependiente de ciclina 6 (CDK-6), la topoisomerasa-I (Topo I), la topoisomerasa-II (Topo II), el linfoma B de células (Bcl-2) y el receptor 2 del factor crecimiento endotelial vascular (VEGFR-2). Todas estas estructuras fueron obtenidas del banco de datos de proteina PDB RCSB. Según las simulaciones de docking molecular se encontró que los compuestos perilaldehído y calamenene del aceite esencial presentaron mayor afinidad de interacción con las dianas farmacológicas CDK-2, CDK-6, Topo I y VEGFR. Los complejos de perilaldehido-receptor se simularon mediante dinámica molecular por 50 nanosegundos, identificando predominantemente interacciones hidrofóbicas y enlaces de hidrógeno intermediados por agua del solvente. Nuestros hallazgos muestran que los compuestos en el aceite esencial de CR presentan potencial actividad anticancerígena.

  • English

    ABSTRACT Cancer is one of the main causes of death worldwide. The search for bioactive compounds against cancer is enhanced by the use of computational tools and molecular databases. Clinopodium Revolutum (CR) is a plant used for medicinal purposes in various ailments; however, further scientific studies are needed to support its bioactivity. In this work, 55 components in the essential oil of CR are analyzed, identified by GC-MS, with potential anticancer activity through in silico studies. Anticancer drug receptors were selected, such as cyclin-dependent kinase 2 (CDK-2), cyclin-dependent kinase 6 (CDK-6), topoisomerase-I (Topo I), topoisomerase-II (Topo II), B-cell lymphoma 2 (Bcl-2), and vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR-2). All these structures were obtained from the Protein Data Bank RCSB. According to molecular docking simulations, it was found that perilaldehyde from the essential oil showed higher interaction affinity with the pharmacological targets CDK-2, CDK-6, Topo I, and VEGFR. Perilaldehyde-receptor complexes were simulated by molecular dynamics for 50 nanoseconds, identifying predominantly hydrophobic interactions and hydrogen bonds mediated by solvent water in their stabilization. Our findings demonstrate that the compounds in the essential oil of CR present potential anticancer activity.