Resumen de The world’s microbiology laboratories can be a global microbial sensor network

Thomas F. O’Brien, John Stelling

• español

  Los microbios que nos afectan se diseminan por epidemias locales y globales, y los genes resistentes que bloquean los tratamientos disponibles para combatirlos se reproducen dentro de ellos y se transmiten de unos a otros. Todo lo que sabemos sobre dónde rastrearlos y cómo contenerlos proviene de los únicos lugares en donde es posible examinarlos: los laboratorios de microbiología del mundo. Sin embargo, la mayoría de estos laboratorios reportan el microorganismo que afecta a cada paciente específico solamente a los responsables de la atención de ese paciente en particular.Los sensores, que van desde instrumentos hasta observadores de aves, se encuentran hoy conectados por redes electrónicas destinadas a monitorizar e interpretar por medio de algoritmos y en tiempo real las corrientes oceánicas, el carbono de la atmósfera, los inventarios de las cadenas de suministro, la migración de las aves, etc. La vinculación de los laboratorios de microbiología del mundo para que actúen como refinados detectores en una red dedicada a salvar vidas, requiere, no obstante, que sus hallazgos sean sometidos a subtipificación y que sus datos se puedan consultar sin restricción.Los reportes de los laboratorios de microbiología generalmente son documentos en papel que son inaccesibles o están en sistemas electrónicos de notificación mutuamente incompatibles. No obstante, actualmente los resultados de más de 2.200 laboratorios en más de 108 países han sido traducidos a los archivos compatibles de WHONET y están disponibles para consulta. Con estos archivos en la internet se podría iniciar una red global de detección microbiana.Los subproductos de información provenientes de los laboratorios de microbiología que hoy no se utilizan, como los datos sobre sensibilidad a medicamentos y los de pruebas bioquímicas, y aquellos que próximamente comenzarán a generar las nuevas tecnologías (genotipificación, técnicas de ionización suave [Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight, MALDI-TOF]), etc., pueden reutilizarse en la subtipificación de microorganismos de cada género y especie clasificados en subgrupos susceptibles de ser discriminados y rastreados con mayor precisión.La delineación estadística de los subtipos que actualmente se lleva a cabo con base en los datos de la red global de sensores mejorará la detección de la transmisión de cualquier microbio o gen resistente de un paciente a otro paciente, centro médico o país. La creciente cantidad de datos relativos a las manifestaciones clínicas y la distribución global de subtipos puede incluir la automatización de comentarios en las historias clínicas, la selección de microorganismos para la subtipificación y la notificación de alertas a los responsables de salud. 

• English

  The microbes that infect us spread in global and local epidemics, and the resistance genes that block their treatment spread within and between them. All we can know about where they are to track and contain them comes from the only places that can see them, the world’s microbiology laboratories, but most report each patient’s microbe only to that patient’s caregiver.Sensors, ranging from instruments to birdwatchers, are now being linked in electronic networks to monitor and interpret algorithmically in real-time ocean currents, atmospheric carbon, supply-chain inventory, bird migration, etc. To so link the world’s microbiology laboratories as exquisite sensors in a truly lifesaving real-time network their data must be accessed and fully subtyped.Microbiology laboratories put individual reports into inaccessible paper or mutually incompatible electronic reporting systems, but those from more than 2,200 laboratories in more than 108 countries worldwide are now accessed and translated into compatible WHONET files. These increasingly web-based files could initiate a global microbial sensor network.Unused microbiology laboratory byproduct data, now from drug susceptibility and biochemical testing but increasingly from new technologies (genotyping, MALDI-TOF, etc.), can be reused to subtype microbes of each genus/species into sub-groupings that are discriminated and traced with greater sensitivity. Ongoing statistical delineation of subtypes from global sensor network data will improve detection of movement into any patient of a microbe or resistance gene from another patient, medical center or country. Growing data on clinical manifestations and global distributions of subtypes can automate comments for patient’s reports, select microbes to genotype and alert responders.