Evaluation of variants in IL6R, TLR3, and DC-SIGN genes associated with dengue in sampled Colombian population

Efren Avendaño Tamayo; Alex Rúa; María Victoria Parra Marín; Winston Rojas; Omer Campo; Juan Chacón Duque; Piedad Agudelo Florez; Carlos F. Narváez; Doris M. Salgado; Berta Nelly Restrepo; Gabriel Bedoya

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Evaluation of variants in IL6R, TLR3, and DC-SIGN genes associated with dengue in sampled Colombian population

Avendaño-Tamayo, Efren ^[1] ; Rúa, Alex ^[5] ; Parra-Marín, María Victoria ^[1] ; Rojas, Winston ^[1] ; Campo, Omer ^[1] ; Chacón-Duque, Juan ^[1] ; Agudelo-Flórez, Piedad ^[2] ; Narváez, Carlos F. ^[3] ; Salgado, Doris M. ^[4] ; Restrepo, Bertha Nelly ^[2] ; Bedoya, Gabriel ^[1]
1. [1] Universidad de Antioquia
  
  Universidad de Antioquia
  
  Colombia
2. [2] Universidad CES
  
  Universidad CES
  
  Colombia
3. [3] Universidad Surcolombiana
  
  Universidad Surcolombiana
  
  Colombia
4. [4] Hospital Universitario de Neiva
  
  Hospital Universitario de Neiva
  
  Colombia
5. [5] Grupo de Investigación en Ciencias Básicas Aplicadas, Tecnológico de Antioquia, Medellín, Colombia
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Localización: Biomédica. Revista del Instituto Nacional de Salud, ISSN-e 2590-7379, ISSN 0120-4157, Vol. 39, Nº. 1, 2019, págs. 88-101
Idioma: inglés
Títulos paralelos:
- Evaluación de variantes en los genes IL6R, TLR3 y DC-SIGN asociadas con dengue en una población colombiana muestreada
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Resumen
- español
  Introducción. La genética del huésped se reconoce como un factor que influye en el desarrollo del dengue.Objetivo. Este estudio evaluó la asociación del dengue con los polimorfismos rs8192284 del gen IL6R, rs3775290 del TLR3 y rs7248637 del DC-SIGN.Materiales y métodos. De los 292 sujetos encuestados, en 191 se confirmó la presencia de fiebre por dengue y los restantes 101 se incluyeron como controles. Los genotipos se resolvieron mediante reacción en cadena de la polimerasa y polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (PCR-RFLP). En un intento por determinar el riesgo de sufrir dengue, los datos se analizaron mediante la prueba de ji al cuadrado para los alelos y la regresión logística para los genotipos y las combinaciones alélicas. Los intervalos de confianza se calcularon a 95 % para todas las pruebas independientemente ajustadas por autoidentificación o componente genético ancestral.Resultados. En los afrocolombianos, el alelo C rs8192284 ofreció protección contra el dengue (OR=0,425; 0,204-0,887, p=0,020). Los alelos A rs7248637 y A rs3775290 plantearon un mayor riesgo de dengue para los afrocolombianos (OR=2,389; 1,170-4,879; p=0,015) y los mestizos (OR=2,329; 1,283-4,226: p=0,005), respectivamente. La reproducibilidad para rs8192284 C/C (OR=2,45; 1,05-5,76; p=0,013) permaneció después del ajuste por el componente genético ancestral amerindio (OR=2,52; 1,04-6,09; p=0,013). La reproducibilidad del rs3775290 A/A (OR=2,48; 1,09-5,65; p=0,033) permaneció después del ajuste por el componente europeo (OR=2,34; 1,02-5,35; p=0,048), el amerindio (OR=2,49; 1,09- 5,66; p=0,035), y el africano (OR=2,37; 1,04-5,41; p=0,046). Por último, la asociación del dengue con la combinación alélica CAG (OR=2,07; 1,06-4,05; p=0,033) permaneció después del ajuste por el componente genético amerindio (OR=2,16; 1,09-4,28; p=0,028).Conclusión. Los polimorfismos rs8192284 en IL6R, rs3775290 en TLR3 y rs7248637 en DC-SIGN, se asociaron con la propensión a sufrir dengue en una muestra de población colombiana.
- English
  Introduction: Host genetics is recognized as an influential factor for the development of dengue disease.Objective: This study evaluated the association of dengue with the polymorphisms rs8192284 for gene IL6R, rs3775290 for TLR3, and rs7248637 for DC-SIGN.Materials and methods: Of the 292 surveyed subjects, 191 were confirmed for dengue fever and the remaining 101 were included as controls. The genotypes were resolved using polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (PCRRFLP). In an attempt to determine the risk (Odds Ratio) of suffering dengue fever, data were analyzed using chi-square for alleles and logistic regression for both genotypes and allelic combinations. Confidence intervals were set to 95% for all tests regardless of the adjustment by either self-identification or ancestry.Results: For Afro-Colombians, the allele rs8192284 C offered protection against dengue [OR=0.425,(0.204-0.887), p=0.020]. The alleles rs7248637 A and rs3775290 A posed, respectively, an increased risk of dengue for Afro-Colombians [OR=2.389, (1.170-4.879), p=0.015] and Mestizos [OR=2.329, (1.283-4.226), p=0.005]. The reproducibility for rs8192284 C/C [OR=2.45, (1.05-5.76), p=0.013] remained after adjustment by Amerindian ancestry [OR=2.52, (1.04-6.09), p=0.013]. The reproducibility for rs3775290 A/A [OR=2.48, (1.09-5.65), p=0.033] remained after adjustment by European [OR=2.34, (1.02-5.35), p=0.048], Amerindian [OR=2.49, (1.09-5.66), p=0.035], and African ancestry [OR=2.37, (1.04-5.41), p=0.046]. Finally, the association of dengue fever with the allelic combination CAG [OR=2.07, (1.06-4.05), p=0.033] remained after adjustment by Amerindian ancestry [OR=2.16, (1.09-4.28), p=0.028].Conclusions: Polymorphisms rs8192284 for IL6R, rs3775290 for TLR3, and rs7248637 for DC-SIGN were associated with the susceptibility to suffer dengue fever in the sampled Colombian population.