SARS-CoV-2 Genomic Surveillance in Nayarit, Mexico (SummerWinter 2021-2022)

• Covantes Rosales, Carlos Eduardo ^[1] ; Barajas Carrillo, Víctor Wagner ^[1] ; Toledo Ibarra, Gladys Alejandra ^[1] ; Díaz Resendiz, Karina Janice Guadalupe ^[1] ; Bebítez Trinidad, Alma Betsaida ^[1] ; Ventura Ramón, Guadalupe Herminia ^[1] ; Girón Pérez, Daniel Alberto ^[1] ; Gómez Gil, Bruno ^[2] ; Girón Pérez, Manuel Iván ^[1]
  1. [1] Universidad Autónoma de Nayarit

     Universidad Autónoma de Nayarit

     México

     
  2. [2] Laboratorio de Genómica Microbiana, Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD), Unidad Mazatlán 82112, México;
• Localización: Revista Biomédica, ISSN-e 2007-8447, ISSN 0188-493X, Vol. 35, Nº. 2, 2024, págs. 51-58
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en Nayarit, México (veranoinvierno 2021-2022)
• Enlaces
  • Texto completo (pdf)
• Resumen
  • español

    Introducción. El COVID-19, cuyo agente etiológico es el SARSCoV-2, un virus de ARN, se caracteriza por una elevada tasa de mutación. Por lo tanto, a mayor número de sujetos infectados existe, mayor probabilidad de que el virus sufra cambios que le confieran ventajas evolutivas (evasión de la respuesta inmunitaria, aumento de la virulencia y reducción de la eficacia de la vacunación). Los esfuerzos por adquirir inmunidad de rebaño mediante la vacunación pueden verse comprometidos en los países en vías de desarrollo, donde el proceso de vacunación es lento y poco equitativo. Esto puede dar lugar a nuevos brotes de variantes con mayor capacidad de transmisión.

    Objetivo. Vigilar las variantes circulantes en la población Nayarita.

    Métodos. En este sentido, en Tepic, Nayarit, México, se secuenciaron 100 genomas virales de pacientes positivos durante el inicio y final de la tercera (4 de agosto al 3 de septiembre de 2021) y cuarta (3 de enero, al 2 de febrero de 2022) olas de COVID-19.

    Resultados. El análisis de secuencias reveló la presencia de diversas variantes; alfa (B.1.1.7), gamma (P.1), variante local (B.1.1.519), mu (B.1.621), delta (B.1.617.2), y sus subtipos (AY.3, AY.4, AY.10, AY.11, AY.20, AY.23.1) durante la tercera ola. Posteriormente, durante la cuarta ola, se siguieron detectando subtipos delta (AY.26 y AY.113), así como ómicron (B.1.1.529) y los subtipos de ómicron (B.A.1 y BA.1.1).

    Conclusiones. Los datos obtenidos revelaron un desplazamiento progresivo de las variantes dominantes, delta, y subtipos en la tercera ola y ómicron y sus subtipos en la cuarta ola.

  • English

    Background. COVID-19, whose etiologic agent is SARS-CoV-2, an RNA virus, is characterized by a high mutation rate. Therefore, while more subjects are infected, greater probability that the virus will potentially undergo changes that confer evolutionary advantages (immune response evasion, increased virulence, and reduced vaccination efficacy). Efforts to acquire herd immunity through vaccination may be compromised in low- and middle-income countries, where the vaccination process is slow and inequitable. This may lead to new variant outbreaks with greater transmission capacity. Therefore, it is important to surveillance the circulating variants in the populations.

    Methods. In this sense, in Tepic, Nayarit, Mexico, 100 viral genomes of positive patients were sequenced during the beginning and end of the third (August 4th to September 3rd, 2021) and fourth (January 3rd, to February 2nd, 2022) COVID-19 waves.

    Results. Sequence analysis revealed the presence of several variants; alpha (B.1.1.7), gamma (P.1), local variant (B.1.1.519), mu (B.1.621), delta (B.1.617.2), and its subtypes (AY.3, AY.4, AY.10, AY.11, AY.20, and AY.23.1) during the third wave. Later, during the fourth wave, delta subtypes were still detected (AY.26 and AY.113), as well as omicron (B.1.1.529) and omicron subtypes (B.A.1 and BA.1.1).

    Conclusion. Obtained data revealed a progressive shift of the dominant variants, delta, and subtypes in the third wave and omicron and subtypes in the fourth wave.