Desarrollo y evaluación de Primers para detectar el gen protamina 3 en alpacas

Alejandra Ugarelli Galarza; Bruna Medranda Rocha; Alexei Santiani Acosta; Shirley Evangelista Vargas

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Desarrollo y evaluación de Primers para detectar el gen protamina 3 en alpacas

Ugarelli-Galarza, Alejandra ^[1] ; Medranda-Rocha, Bruna ^[1] ; Santiani-Acosta, Alexei ^[1] ; Evangelista-Vargas, Shirley ^[2]
1. [1] Universidad Científica del Sur
  
  Universidad Científica del Sur
  
  Perú
2. [2] Universidad Nacional Mayor de San Marcos
  
  Universidad Nacional Mayor de San Marcos
  
  Perú
Localización: Revista Colombiana de Ciencia Animal, ISSN-e 2027-4297, Vol. 14, Nº. 1, 2022 (Ejemplar dedicado a: RECIA 14(1):ENERO-JUNIO 2022; e870)
Idioma: español
Títulos paralelos:
- Development and evaluation of Primers to detect the protamine 3 gene in alpacas
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Resumen
- español
  Objetivo. Desarrollar y evaluar primers para detectar el gen Protamina 3 (PRM3) en alpacas. Materiales y métodos. Los primers candidatos se diseñaron en base a las secuencias conservadas obtenidas del alineamiento del gen protamina 3 (PRM3) con la secuencia predicted del ARNm, ambos presentes en la base de datos del NCBI. Para la evaluación in silico, se enfrentaron los primers con el genoma de alpaca, y para la evaluación in vitro, se emplearon 51 muestras de tejido testicular. Resultados. Se obtuvieron 10 pares de primers. De estos, se seleccionaron los pares 1 y 6; denominados PRM3-P31 y PRM3-P32 y con amplicones de 240 pb y 328 pb, respectivamente. Además, la evaluación de subproductos se realizó mediante el programa Oligoanalyzer. Conclusiones. Se concluyó que el primer PRM3-P31 nos permite determinar la presencia del gen más seguridad que el otro primer seleccionado. Por lo tanto, fue posible desarrollar y evaluar primers para detectar la presencia del gen de la protamina 3 en alpacas.
- English
  Objetive. To develop and evaluate primers to detect the Protamine 3 (PRM3) gene in alpacas. Materials and methods. To do this, the candidate primers were designed based on the conserved sequences obtained from the alignment of the protamine 3 (PRM3) gene with the predicted sequence of the mRNA, both present in the NCBI database. For the in silico evaluation, the primers were compared with the alpaca genome. For in vitro evaluation, 51 testicular tissue samples were used. Results. 10 pairs of primers were obtained. Of these, pairs 1 and 6 were selected; named PRM3-P31 and PRM3-P32 and with amplicons of 240 bp and 328 bp, respectively. Furthermore, the evaluation of the presence of homodimers and heterodimers was carried out using the Oligoanalyzer program. Conclusions. It was concluded that the primer PRM3-P31 allows us to determine the presence of the gene safer than other selected primer. Therefore, it was possible to develop and evaluate primers to detect the presence of the protamine 3 gene in alpacas.