Standardizing genomic DNA extraction in Tabebuia rosea (Bertol.) DC. and Cordia alliodora (Ruiz & Pav.) Okén

• Lopez Mora, Paola ^[1] ; Lopez Gutierrez, Ana ^[1] ; Marulanda-Angel, Marta ^[1]
  1. [1] Facultad de Ciencias Ambientales. Laboratorio de Biotecnología Vegetal.
• Localización: Temas agrarios, ISSN-e 0122-7610, Vol. 16, Nº. 2, 2011, págs. 28-41
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Estandarización de la extracción de adn genómico en Tabebuia rosea (Bertol.) DC. y Cordia alliodora (Ruiz y Pav.) Okén
• Enlaces
  • Texto completo (pdf)
• Resumen
  • español

    El potencial comercial y el papel que desempeñan en la protección del medio ambiente, Cordia alliodora y Tabebuia rosea las torna relevantes en el Plan Nacional de Reforestación, el cual es ejecutado por la Corporación Nacional de Investigación y Fomento Forestal (CONIF) y el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural (MADR) de Colombia. El avance de las técnicas de biología molecular, permite la disponibilidad de nuevas herramientas en el mejoramiento genético vegetal, fomentando la fijación de genes involucrados en la expresión de caracteres fenotípicos deseables de interés comercial y productivo. El objetivo fue estandarizar un método de extracción de ADN genómico específico a partir de tejido foliar fresco y seco, al igual que de plántulas. Se encontraron diferencias significativas entre las dos especies. En C. alliodora el tipo y estado del tejido no fue un factor limitante para la extracción, la cual dependió solamente del método empleado. Por el contrario, T. rosea presentó limitaciones en la extracción y amplificación del ADN obtenido a partir de tejido seco, lo cual se atribuyó a la concentración significativa de polisacáridos, polifenoles y otros metabolitos secundarios, también reportados en otras investigaciones para esta especie. Se cuantificó el ADN extraído y se evaluó su calidad mediante la amplificación del ADN utilizando microsatélites. Los datos se sometieron a Análisis de Componentes Principales (ACP) y Análisis Factorial Múltiple (AFM). Con base en los resultados, se estandarizó un protocolo de extracción de ADN para cada especie y se definió el tejido foliar óptimo para dicho proceso.

  • English

    Because of their great commercial potential and its role on environmental protection, Cordia alliodora and Tabebuia rosea are among species prioritized by Colombia’s National Reforestation Plan, which is executed by the National Corporation for Forestry Research and Development (CONIF) and the Ministry of Agriculture and Rural Development (MADR). Thanks to the advancement of molecular biology techniques, new tools, that are quite useful in plant breeding, are now available, promoting the fixation of genes involved in the expression of desirable phenotypic traits of commercial and productive interest. This study was aimed to standardize a specific genomic DNA extraction method from fresh and dry leaf tissue as well as from seedlings. Significant differences were observed between both species. In C. alliodora, tissue, type and condition was not a limiting factor for extraction and it only depended on the method used. On the other hand, T. rosea has limitations in DNA extraction and amplification from dry tissue, which was attributed to the high concentration of polysaccharides, polyphenols and other secondary metabolites, also reported in other studies for this species. The extracted DNA was quantified and its quality evaluated by DNA amplification using microsatellites. Data were analyzed by both Principal Component Analysis (PCA) and Multiple Factor Analysis (MFA). Based on the results obtained, a DNA extraction protocol was standardized for each of these species and the optimum leaf tissue for that process was defined.