Resumen de Bacterial diversity analysis of freshwater sources for human use in rural areas of the tropical Andean region of Colombia

Katherine Bedoya, Laila Galeano, Margarita M. Hincapié, Jairo A. Mesa, Juan F. Alzate

• español

  Resumen El suministro y potabilización del agua de consumo humano en las zonas rurales de los países en vías de desarrollo sigue siendo limitado. El principal riesgo asociado con el uso de agua no potable es la infección con microorganismos patógenos. Objetivo: En este estudio se investigó la diversidad bacteriana y la presencia de bacterias potencialmente patógenas en muestras de agua de diferentes puntos de distribución en tres asentamientos rurales de la región andina de Colombia. Métodos: Se prepararon y secuenciaron bibliotecas de amplicones (rDNA 16S) para muestras de agua utilizando la plataforma Illumina MiSeq con lecturas pareadas de 300 bases. Los análisis bioinformáticos se realizaron con el programa Mothur y el paquete estadístico Phyloseq en Rstudio. Resultados: La composición de la comunidad microbiana mostró diferencias estadísticamente significativas según el sitio y el origen de la muestra. Alfa, Beta y Gammaproteobac terias fueron las clase dominantes detectadas en todas las muestras de agua. Los géneros patógenos más relevantes detectados fueron Legionella, Mycobacterium, Yersinia, Burkholderia y Rickettsia. En las muestras de agua del grifo se detectaron patógenos potenciales como Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Nocardia y Escherichia /Shigella.

• English

  Abstract Potable water supply and sanitization in rural areas in developing countries are still inadequate. The main risk associated with unsafe drinking water is the infection with pathogenic microorganisms. Objective: In this study, we investigate the bacterial diversity and the potentially pathogenic bacteria in water samples from diffe rent points of distribution in three rural villages from the Andean region of Colombia. Methods: Illumina libraries for water samples were prepared and sequenced using 300 bp paired-end MiSeq protocol, the bioinformatic analyses were performed with Mothur pipeline and the phyloseq package in Rstudio. Results: The mi crobial community composition showed statistically significant differences according to the village and the sample origin. Alpha, Beta, and Gammaproteobacteria were the dominant class detected in all water samples. The most relevant pathogenic genera detected in the surface were Legionella, Mycobacterium, Yersinia, Burkholderia, and Rickettsia. In the tap water samples, potential pathogens like Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Nocardia, and Escherichia/Shige lla were detected.