Análisis de genomas de SARS-CoV-2 en muestras de Perú

• Autores: Johnny L. Saavedra Camacho, Sebastian A. Iglesias Osores, Miguel Alcántara Mimbela, Lizbeth Maribel Córdova Rojas
• Localización: RFMH Revista de la Facultad de Medicina Humana, ISSN-e 2308-0531, ISSN 1814-5469, Vol. 21, Nº. 3, 2021 (Ejemplar dedicado a: Revista de la Facultad de Medicina Humana), págs. 475-485
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Analysis of SARS-CoV-2 genomes samples from Peru
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    Introducción: El análisis genómico de muestras de casos documentados de COVID-19 puede usarse con éxito para ayudar a rastrear fuentes de infección por Sars-Cov-2, que pueden ponerse en cuarentena para prevenir la propagación recurrente de la enfermedad en todo el mundo. Objetivo: Describir las secuencias de SARS-CoV-2 aisladas de pacientes peruanos. Métodos: Se seleccionaron todos los genomas publicados hasta marzo del 2021, subidos en el repositorio de GISAID y Nextstrain. Todos los datos están en la web de manera pública; además se filtró la información por continente, país, región, clado, linaje y sexo desde marzo de 2020 hasta febrero de 2021. Resultados: Se evidenció que la región con la mayoría de los genomas aislados fue Lima, el clado más frecuente es el GR, el linaje viral B.1.1 es el más frecuente y persistente en tiempo y la mayor parte de genomas fueron aislados de personas del sexo femenino. Conclusiones: El clado GR es común para todos los países sudamericanos y los continentes europeos y asiáticos, seguido de los clados G y GH con mayor frecuencia; por otro lado, el linaje viral más persistente en Perú es el B.1.1, siendo este dato no común con otros países.

  • English

    Introduction: Genomic analysis of samples from documented COVID-19 cases can be used successfully to help track sources of Sars-Cov-2 infection, which can be quarantined to prevent the recurrent spread of the disease around the world. Objective: To describe the SARS-CoV-2 sequences isolated from Peruvian patients. Methods: All genomes published up to March 2021, uploaded in the GISAID and Nextstrain repository, were selected. All data is on the web in a public way; In addition, the information was filtered by continent, country, region, clade, lineage, and sex from March 2020 to February 2021. Results: It was evidenced that the region with the most isolated genomes was Lima, the most frequent clade is GR, the viral lineage B.1.1 is the most frequent and persistent in time and most of the genomes were isolated from people of the female sex.Conclusions: The clade GR is common to all South American countries and the European and Asian continents, followed by clades G and GH with greater frequency; on the other hand, the most persistent viral lineage in Peru is B.1.1, this being not common with other countries.