Complete chloroplast genome of Atractylodes japonica native to the Korean Peninsula and Atractylodes species identification challenges

• Autores: Hong Il Choi, Gileung Lee, Jaihyunk Ryu, Jae Wan Park, Sang Hoon Kim
• Localización: Ciencia e investigación agraria: revista latinoamericana de ciencias de la agricultura, ISSN-e 0718-1620, Vol. 50, Nº. 3, 2023, págs. 111-115
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Genoma completo del cloroplasto de Atractylodes japonica nativa de la península de Corea y problemas en la identificación de especies de Atractylodes
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    Atractylodes japonica Koidz.

    ex. Kitam. (Asteraceae) es una planta perenne, cuyo rizoma seco se ha utilizado como medicina herbal tradicional en Asia Oriental. Aquí hemos completado el genoma del cloroplasto de A.

    japonica nativa de Corea. El genoma circular tenía una longitud de 153,207 pb, compuesto por una región de copia única grande (84,256 pb), una región de copia única pequeña (18,657 pb) y un par de regiones de repetición invertida (25,147 pb cada una). La anotación y curación manual de los genes predijeron un total de 114 genes, de los cuales 80 fueron clasificados como genes codificantes de proteínas, 30 como genes de ácido ribonucleico de transferencia (ARNt) y 4 como genes de ARN ribosómico (ARNr). El análisis filogenético utilizando 13 genomas de 6 especies de Atractylodes mostró una agrupación entremezclada de 9 genomas de 4 especies, A. chinensis, A. japonica, A. koreana y A. lancea, lo que indica ambigüedad en su identificación taxonómica

  • English

    Atractylodes japonica Koidz.

    ex. Kitam. (Asteraceae) is a perennial plant, of which the dried rhizome has been utilized as a traditional herbal medicine in East Asia. Here, we sequenced and annotated the complete chloroplast genome of A. japonica native to Korea. The circular genome was 153,207 bp in length and was composed of a large single-copy region (84,256 bp), a small single-copy region (18,657 bp), and a pair of inverted repeat regions (25,147 bp each). The annotation and manual curation of genes predicted a total of 114 genes, of which 80 were classified as protein-coding genes, 30 were transfer ribonucleic acid (RNA) genes, and 4 were ribosomal RNA genes.

    Phylogenetic analysis using 13 genomes from 6 Atractylodes species showed intermingled clustering of 9 genomes from 4 species, A. chinensis, A. japonica, A. koreana, and A. lancea, indicating ambiguity in their taxonomic identification