The importance of prevalence and pre-test probability on the microbiological diagnosis of SARS-CoV-2: the case of Spain in 2020

• Autores: Andrés Canut Blasco, Carmen Gómez González, Raquel Barbero Herranz, Ismael Barbero Martínez, Eider Abasolo Osinaga
• Localización: Revista Española de Quimioterapia, ISSN-e 0214-3429, Vol. 36, Nº 5, 2023, págs. 498-506
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • La importancia de la prevalencia y de la probabilidad pre-test en el diagnóstico microbiológico de SARS-CoV-2: el caso de España en 2020
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• Resumen
  • español

    Objetivos. En este trabajo estimamos la probabilidad condicionada del diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 con RTPCR, pruebas de antígenos virales (Ag-RDT) y pruebas de detección de anticuerpos, en función de la prevalencia en España en diferentes ámbitos durante 2020, y de la probabilidad pre-test (PPT) según la situación clínica, edad y contactos del paciente.

    Material y métodos. Los parámetros de rendimiento de las pruebas se obtuvieron de bibliografía. Los datos de prevalencia y PPT se obtuvieron de fuentes españolas y de una encuesta, respectivamente. La probabilidad post-test es el valor predictivo positivo (VPP) cuando la prueba es positiva. Para el resultado negativo, también calculamos la probabilidad de tener la infección (falsos negativos).

    Resultados. Tanto con RT-PCR como con Ag-RDT, los valores más bajos de VPP se detectaron en los cribados poblacionales, que demostraron ser útiles para descartar la infección, pero generan muchos falsos positivos. A nivel individual, ambas pruebas proporcionaron un VPP ≥ 97% cuando los valores de PPT son superiores al 35%. En estudios de seroprevalencia, aunque la especificidad de las pruebas de IgG sola es alta, si la seroprevalencia es baja, no se pueden evitar falsos positivos.

    Además, las pruebas de anticuerpos totales pueden ayudar al diagnóstico de COVID-19 en aquellos casos dudosos con pruebas de RT-PCR o Ag-RDT repetidamente negativas.

    Conclusiones. La interpretación de los resultados depende no sólo del rendimiento de las pruebas, sino también de la prevalencia de la infección en diferentes ámbitos, y de la PPT asociada al paciente antes de realizar la prueba.

  • English

    Objectives. The aim of this work was to estimate the conditioned probability for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection with reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), viral antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDT), and antibody detection tests depending on the prevalence in the specific healthcare settings in Spain in 2020, and on the pre-test probability (PTP) according to the clinical situation, age and unknown or close contacts of the patient.

    Material and methods. Performance parameters of tests were obtained from literature. Prevalence data and PTP were obtained from Spanish sources and a survey, respectively.

    The post-test probability is the positive predictive value (PPV) when test is positive. For negative result, we also calculated the probability of having the infection (false negatives).

    Results. For both RT-PCR and viral Ag-RDT, the lowest PPV values were for the population screenings. This strategy proved to be useful in ruling out infection but generates a high number of false positives. At individual level, both tools provided high PPV (≥ 97%) when the PTP values are over 35%.

    In seroprevalence studies, though the specificity of IgG alone tests is high, under low seroprevalence, false positives cannot be avoided. Total antibodies tests are useful for diagnosis of COVID-19 in those doubtful cases with RT-PCR or Ag-RDT tests being repeatedly negative.

    Conclusions. The interpretating of results depends not only on the accuracy of the test, but also on the prevalence of the infection in different settings, and the PTP associated to the patient before performing the test