Tal como se entiende y practica por regla general en la época moderna, la ciencia implica un naturalismo metafísico (es decir, no empírico) que niega la existencia de seres sobrenaturales o sutiles, como dioses, ángeles o espíritus. Dicho de otro modo, lejos de ser metafísicamente neutral, la ciencia moderna respalda la «visión [naturalista] de que todo lo que existe es nuestro mundo espaciotemporal gobernado por leyes naturales» (Manher, 2012, p. 1437). Los científicos contemporáneos a menudo argumentan que el naturalismo metafísico debe considerarse esencial para la práctica científica: «una suposición metafísica tácita de la ciencia, un postulado ontológico» (Manher, 2012, p. 1438) sin el cual la ciencia dejaría de ser ciencia (véase Shafersman, 1997). El naturalismo científico está también comprometido con un materialismo (o incluso fisicalismo) que favorece las explicaciones reduccionistas, por ejemplo, intentando explicar las visiones espirituales o experiencias de fenómenos aparentemente sobrenaturales mediante mecanismos neurobiológicos.
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