Diseño y evaluación de primers in silico del gen E1 del virus de chikungunya para Real-Time PCR (qPCR)

• ARIEL DE LA FUENTE ^[1] ; DANITZA XIOMARA ROMERO CALLE ^[1] ; OSCAR CÁRDENAS ALEGRÍA ^[1] ; MARÍA TERESA ÁLVAREZ ALIAGA ^[1]
  1. [1] Instituto de Investigaciones Fármaco Bioquímicas (IIFB) Facultad de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas UMSA
• Localización: Con-ciencia: Revista de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas, ISSN-e 2710-3609, ISSN 2310-0265, Vol. 6, Nº. 1, 2018, págs. 107-124
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Design and Evaluation of primers in silico of the E1 gene of chukungunya virus for Real-Time PCR (q PCR)
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    Resumen El diseño de primers es una parte sustancial dentro de los ensayos de PCR, el mismo es aplicado en la caracterización de microorganismos, secuenciación, cuantificación, etc. En los últimos años se ha incrementado herramientas para este fin, se realizaron nuevas variantes, crearon nuevos enfoques, muchas de estas herramientas son de licencia comercial y otros de acceso libre y código abierto permiten al usuario mejorar o modificar según requerimiento el diseño de primers. En este trabajo comparamos las características básicas dentro del diseño de primers, empleando 2 tipos de herramientas web de acceso libre y código abierto: Primer-BLAST y Primer3Plus, se realizó el diseño in silico, análisis de estructuras secundarias y verificación de la especificidad de los primers obtenidos. Los resultados mostraron que el uso de variables adicionales o uso de penaltis mediante el software Primer-3Plus afectan en la especificidad, formación de estructuras secundarias de los primers y de los amplicones. Además, se determinó que los parámetros que tienen muchos software por defecto, no aseveran el diseño de primers convenientes y/o específicos, en este sentido es importante realizar el uso de penaltis. Asimismo, se identificó que el uso de Primer3Plus ha permitido disminuir la formación de estructuras secundarias, sin afectar la especificidad de amplificación del marcador seleccionado.

  • English

    Abstract Primer design is a substantial part of PCR assays, which is used in characteriza-tion of microorganisms, sequencing, quanti-fication, etc. In recent years, new tools have been added for this purpose, new variants and approaches have been created, many of these tools are commercial and others are free including open source, giving the pos-sibility to improve or modify as required. In this work, we compared the basic charac-teristics of the primers design, using 2 types of free and open source web tools, Primer-BLAST and Primer3Plus, in this sense the in silico design, analysis of secondary struc-tures and verification of primers designed. The results showed that the use of addi-tional variables or use of penalties using the software Primer3 Plus affect in specificity, secondary structures formation in primers and in the products of amplification. In ad-dition, default parameters, that many software have, do not imply that suitable and / or specific primers can be obtained, mean-ing the importance of the use of penalties. Therefore, the use of Primer3Plus has al-lowed to decrease the formation of second-ary structures without affecting the ampli-fication specificity of the selected marker.