Adaptation of the closest tree method for a two state quartet to Jukes-Cantor tripod trees

• Álvarez González, Ernesto ^[1]
  1. [1] Universidad Complutense de Madrid

     Universidad Complutense de Madrid

     Madrid, España

     
• Localización: Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones, ISSN 2215-3373, ISSN-e 2215-3373, Vol. 30, Nº. 1, 2023 (Ejemplar dedicado a: Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones), págs. 69-85
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
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• Resumen
  • español

    Nuestro objetivo es adaptar secuencias de caracteres de ADN con cuatro estados provenientes de tres especies a un árbol filogenético tipo trípode, cuyo modelo evolutivo es Jukes-Cantor. Para ello, adaptamos el método del árbol más cercano utilizado en el ajuste de secuencias de 2 estados provenientes de cuatro especies a un cuarteto, donde los estados son purinas y pirimidinas y el modelo evolutivo es CFN. La adaptación requiere una metodología de múltiples etapas llamada ‘proceso de reducción’. Tomamos las frecuencias de los patrones de caracteres de 2 estados en el cuarteto como parámetros y buscamos soluciones para el ajuste.

  • English

    We aim to fit 4-state sequences of DNA characters from three species to a tripod tree, whose evolutionary model is Jukes-Cantor. For this purpose, we adapt the closest tree method used in the fit of 2-state sequences coming from four species to a quartet, where the states are purines and pyrimidines and the evolutionary model is CFN. The adaptation requires a multi stage methodology called ‘reduction process’. We take the frequencies of 2-state character patterns on the quartet as parameters and search for solutions to the fit.