Resumen de Exact and kernelization algorithms for Closet String
- español
En este artículo abordamos el problema de la subsecuencia de caracteres más próxima que surge en la búsqueda web, la teoría de la codificación y la biología molecular computacional. Para resolverlo debe se encontrar una subsecuencia de caracteres que minimice la distancia de Hamming máxima de un conjunto dado de subsecuencias, dicho problema está en NP-hard. Este artículo propone dos algoritmos de tiempo lineal, uno para el caso general, un algoritmo de kernelización, y el otro para tres subsecuencias de caracteres, un algoritmo de tiempo lineal llamado Algoritmo de la primera minimización (MFA). Se expresa una prueba formal para verificar la corrección y complejidad computacional de los algoritmos propuestos.
- English
In this paper we address CLOSEST STRING problem that arises in web searching, coding theory and computational molecular biology. To solve it is to find a string that minimizes the maximum Hamming distance from a given set of strings. CLOSEST STRING is an NP-hard problem. This paper proposes two linear-time algorithms, one for the general case, a kernelization algorithm, and the other for three-strings, a linear-time algorithm called Minimization First Algorithm (MFA). A formal proof of the correctness and the computational complexity of the proposed algorithms are given.
