Resumen de Análisis del acoplamiento molecular de las moléculas Baicaleína y Baicalina como posibles bloqueantes de la trimerización de la glicoproteína de la espiga del SARS-CoV2
- español
La glicoproteína de la espiga (S) del SARS-CoV2 se encuentra involucrada en el proceso de reconocimiento e infección viral. Debido a esto, la comunidad científica lo considera como blanco para la búsqueda de moléculas bioactivas de origen natural para combatir la Covid-19. Los flavonoides baicaleína y baicalina presentan actividades antivirales contra una gran cantidad de virus, por lo que son buenos candidatos para estudiar su efecto antiviral contra el SARS-CoV2. A fin de identificar y caracterizar in silico las afinidades de interacción de los flavonoides baicaleína y baicalina en el sitio de trimerización de la espiga del SARS-CoV2, se llevaron a cabo pruebas de simulaciones computacionales de acoplamiento molecular entre estos flavonoides y la estructura proteica de la espiga viral en conformaciones cerrada y abierta del ectodominio RBD. Los resultados evidenciaron a la baicaleína en interacción favorable en sitios proximales a la región de trimerización de la proteína, con una ΔGb= -9,12±0,39 kcal.mol-1 y la participación activa de los residuos Arg995, Asp994, Thr998 y Tyr756. Sin embargo, la baicalina demostró afinidad de acoplamiento significativamente favorable (p<0,001) con el sitio de trimerización de esta glicoproteína, con un ΔGb=-9,58±0,18 kcal.mol-1 y la participación activa de los residuos Pro728, Glu780, Ala1020, Leu1024, Lys1028 y Ser1030. Estos hallazgos sugieren que la presencia de ambos flavonoides en interacción con la región de trimerización o en sitios proximales a esta, podrían bloquear el proceso de ensamblaje de esta proteína viral pudiendo interferir con el ciclo replicativo viral, por lo tanto, ambas moléculas pueden ser consideradas como potenciales candidatos para posteriores estudios experimentales.
- English
The spike S glycoprotein of SARS-CoV2 is involved in the process of viral recognition and infection. Due to this, the scientific community considers it as a target to search bioactive compounds with natural origin to combat Covid-19. The flavonoids baicalein and baicalin have antiviral activities against a large number of viruses, so they are good candidates to study their antiviral effect against SARS-CoV2. In order to identify and to characterize in silico the interaction affinities of the flavonoids baicalein and baicalin at trimerization site of SARS-CoV2 spike protein, computational simulations of molecular docking were performed between these flavonoids and the viral protein structure in closed and open conformations of RBD ectodomain. The results showed that baicalein had a favorable interaction at proximal sites of trimerization region of the protein, with ΔGb=-9.12±0.39 kcal.mol-1 and active participation of the residues Arg995, Asp994, Thr998 and Tyr756. However, baicalin demonstrated significantly favorable binding affinities (p<0.001) at the glycoprotein trimerization site, with a ΔGb=-9.58±0.18 kcal.mol-1 and active participation of the residues Pro728, Glu780, Ala1020, Leu1024, Lys1028 and Ser1030. These findings suggest that the presence of both flavonoids in interaction with the trimerization region or proximal sites of this region, could block the assembly process of this viral protein and also could interfere the viral replication cycle, therefore, both compounds can be considered as potential candidates for further experimental studies.
