Los complementos alimenticios presentan como principales efectos adversos las reacciones alérgicas y la hepatotoxicidad, problemas que suelen surgir como consecuencia de un uso inadecuado y de la interacción con fármacos. En general, los productos herbales presentan un mayor número de interacciones que los suplementos de vitaminas, minerales u otros nutrientes. Cabe destacar las interacciones producidas por hipérico y pomelo, cuyo consumo concomitante con otra medicación está totalmente desaconsejado. Otros complementos alimenticios que producen importante número de interacciones son los que contienen Ginkgo biloba, ginseng, magnesio, calcio, hierro o Vitamina K. Los fármacos más afectados por interacciones son aquellos que actúan en el sistema nervioso central y el sistema cardiovascular y las interacciones son especialmente relevantes en el caso de fármacos con margen terapéutico estrecho, como la digoxina o los anticoagulantes orales. La mayor parte de estas interacciones tienen un efecto clínico leve o moderado, pero su ocurrencia obliga al profesional sanitario a valorar la posibilidad de interacción siempre que se prescriba un complemento alimenticio a una persona en tratamiento farmacológico. El profesional farmacéutico juega un papel importante en el uso racional de los complementos alimenticios, basando su recomendación en su efectividad y seguridad, además de la ausencia de interacción con otra medicación
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