Cocirculation and replacement of SARS-CoV-2 variants in crowded settings and marginalized populations along the US-Mexico border

• Antoine Chaillon ^[1] ; Ietza Bojorquez ^[2] ; Jaime Sepúlveda ^[3] ; Alicia Yolanda Harvey-Vera ^[4] ; M Gudelia Rangel ^[5] ; Britt Skaathun ^[1] ; Sanjay R Mehta ^[6] ; Caroline Ignacio ^[1] ; Magali Porrachia ^[6] ; Davey M Smith ^[6] ; Steffanie A Strathdee ^[1]
  1. [1] Division of Infectious Diseases and Global Public Health, University of California San Diego. San Diego, United States
  2. [2] Departamento de Estudios de Población, El Colegio de la Frontera Norte. Tijuana, Mexico
  3. [3] Institute for Global Health Sciences, University of California. San Francisco, United States
  4. [4] Division of Infectious Diseases and Global Public Health, University of California San Diego. San Diego, United States/Facultad de Medicina, Universidad de Xochicalco. Tijuana, Mexico/United States-Mexico Border Health Commission. Tijuana, Mexico
  5. [5] Departamento de Estudios de Población, El Colegio de la Frontera Norte/United States-Mexico Border Health Commission. Tijuana, Mexico
  6. [6] Division of Infectious Diseases and Global Public Health, University of California San Diego/Veterans Affairs Health System. San Diego, United States

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• Localización: Salud pública de México, ISSN-e 1606-7916, ISSN 0036-3634, Vol. 65, Nº. 1, 2023, págs. 10-18
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Cocirculación y reemplazo de variantes de SARS-CoV-2en espacios hacinados y poblaciones marginadas en la frontera México-EUA
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• Resumen
  • español

    Objetivo. Investigar los linajes circulantes y variantes recombinantes de SARS-CoV-2 en migrantes en albergues y usuarios de drogas inyectables (UDI). Material y métodos. Se combinaron datos de dos estudios con poblaciones marginadas (migrantes en albergues y UDI) en Tijuana, México. Se identificaron variantes de SARS-CoV-2 en exudado nasal y se compararon con genomas disponibles públicamente de muestras de México y California. Resultados. Ocho de 10 linajes identificados se detectaron principalmente en Norte y Centro América. Las discrepancias entre migrantes y UDI se pueden explicar por la emergencia temporal y la corta duración de la mayoría de estos linajes en la región. Conclusión. Los resultados ilustran la estructura temporo-espacial de la dispersión de linajes de SARS-CoV-2, y la circulación posible de linajes múltiples en poblaciones en riesgo con contactos sociales estrechos. Estas condiciones generan el potencial de recombinación en la frontera California-Baja California

  • English

    Objective. To interrogate the circulating SARS-CoV-2 lin-eages and recombinant variants in persons living in migrant shelters and persons who inject drugs (PWID). Materials and methods. We combined data from two studies with marginalized populations (migrants in shelters and persons who inject drugs) in Tijuana, Mexico. SARS-CoV-2 variants were identified on nasal swabs specimens and compared to publicly available genomes sampled in Mexico and California. Results. All but 2 of the 10 lineages identified were predomi-nantly detected in North and Central America. Discrepan-cies between migrants and PWID can be explained by the temporal emergence and short time span of most of these lineages in the region. Conclusion. The results illustrate the temporo-spatial structure for SARS-CoV-2 lineage dispersal and the potential co-circulation of multiple lineages in high-risk populations with close social contacts. These conditions create the potential for recombination to take place in the California-Baja California border.