Putative Secondary Structure at 5’UTR as a Potential Antiviral Target against SARS-CoV-2

• Autores: Emilio García Morán, Marta Hernandez Meneses, David Abad, José María Eiros Bouza
• Localización: Revista Española de Quimioterapia, ISSN-e 0214-3429, Vol. 35, Nº 2, 2022, págs. 204-212
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Estructura secundaria en 5’UTR como diana antiviral contra el SARS-CoV-2
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• Resumen
  • español

    El SARS-CoV-2 es un coronavirus de ARN monocatenario de sentido positivo envuelto que causa COVID-19, del cual el brote actual ha provocado una gran cantidad de casos y muertes en todo el mundo, incluso cuando se están administrando dosis de vacunas. En este trabajo hemos escaneado el genoma del SARS-CoV-2 en busca de dianas terapéuticas. Encontramos una secuencia en el 5’UTR (NC \ _045512: 74-130), que consiste en un heptámero típico junto a una región estructurada que puede causar cambios en la pauta de lectura. El valor biológico potencial de esta región es relevante debido a su baja similitud con otros virus, incluidos los coronavirus relacionados con el SARS-CoV, y su alta conservación de secuencia dentro de múltiples aislados de SARS-CoV-2. Hemos predicho la estructura secundaria de la región mediante diferentes herramientas bioinformáticas. Hemos sugerido una estructura secundaria más probable para así proceder al acoplamiento virtual en la estructura 3D para buscar un sitio de unión y luego ligandos de fármacos. Hemos encontrado varias moléculas que probablemente podrían administrarse como fármacos orales muestran una afinidad de unión prometedora dentro de la región estructurada, por lo que es posible que interfieran en su posible función reguladora de la replicación viral.

  • English

    SARS-CoV-2 is an enveloped positive-sense single-stranded RNA coronavirus that causes COVID-19, of which the current outbreak has resulted in a high number of cases and fatalities throughout the world, even vaccine doses are being administered. The aim of this work was to scan the SARS-CoV-2 genome in search for therapeutic targets. We found a sequence in the 5’UTR (NC\_045512:74-130), consisting of a typical heptamer next to a structured region that may cause ribosomal frameshifting. The potential biological value of this region is relevant through its low similarity with other viruses, including coronaviruses related to SARS-CoV, and its high sequence conservation within multiple SARSCoV-2 isolates. We have predicted the secondary structure of the region by means of different bioinformatic tools. We have suggested a most probable secondary structure to proceed with a 3D reconstruction of the structured segment. Finally, we carried out virtual docking on the 3D structure to look for a binding site and then for drug ligands from a database of lead compounds. Several molecules that could be probably administered as oral drugs show promising binding affinity within the structured region, and so it could be possible interfere its potential regulatory role.