Application of genomic surveillance in Cantabria to keep the COVID-19 pandemic under control

• Curiel-del-Olmo, Soraya ^{[1] [2]} ; Rodríguez-Lozano, Jesús ^[1] ; Aginagalde, Adrián-Hugo ^[4] ; Barquín, Gloria ^[2] ; Pardo, Jaime ^[2] ; Damián, Elena ^[2] ; Velasco, Silvia ^[1] ; Gozalo, Mónica ^[1] ; Iglesias-Caballero, María ^[3] ; López-González, María ^[2] ; Freije, Ana ^[2] ; López-Gómez, Tania ^[2] ; Calvo-Montes, Jorge ^[1] ; Wallmann, Reinhard ^[2]
  1. [1] Hospital Universitario Marqués de Valdecilla

     Hospital Universitario Marqués de Valdecilla

     Santander, España

     
  2. [2] Gobierno de Cantabria

     Gobierno de Cantabria

     Santander, España

     
  3. [3] Centro Nacional de Microbiología

     Centro Nacional de Microbiología

     Majadahonda, España

     
  4. [4] Servicio Cántabro de Salud. Fundación Marqués de Valdecilla. Observatorio de Salud Pública de Cantabria. Santander, España

  Mostrar afiliaciones +
• Localización: Gaceta médica de Bilbao: Revista oficial de la Academia de Ciencias Médicas de Bilbao. Información para profesionales sanitarios, ISSN-e 2173-2302, ISSN 0304-4858, Vol. 119, Nº. 1, 2022, págs. 27-37
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Aplicación de la vigilancia genómica en Cantabria para mantener bajo control la pandemia de COVID-19
• Enlaces
  • Texto completo
• Resumen
  • español

    Algunas variantes del virus SARS-CoV-2 están causando, actualmente, especial preocupación en todo el mundo por su supuesta capacidad de evadir la respuesta inmune en personas previamente inmunizadas. Debido a esto, muchos gobiernos, incluido el de España, han implementado intervenciones no farmacológicas (NPI) en un intento de evitar que las variantes de preocupación (VOCs) sean importadas y, en caso de que lo sean, facilitar su detección temprana controlar su expansión en nuevas regiones. En este trabajo, la eficacia real de las actuales NPIs es sometida a examen utilizando, como ejemplo real y práctico, el primer brote de COVID-19 debido a la variante P.1 (variante Gamma) surgido en Cantabria. Asimismo, se evalúa la utilidad de la vigilancia genómica de cara a mantener una situación pandémica bajo control. Por último, se plantea la cuestión de si realmente existe en España, y en cada Comunidad Autónoma, la capacidad de realizar análisis genéticos suficientemente amplios, en un tiempo suficientemente corto y a un número de muestras suficientemente elevado, como para tener datos en tiempo real sobre la evolución de las variantes.El brote de COVID-19 que se reporta aquí se pudo mantener bajo control, evitando su expansión. Sin embargo, tras el correspondiente análisis, este éxito parece haberse debido más a una capacidad de transmisión sorprendentemente baja de este linaje que a una gran eficiencia de las medidas no farmacológicas existentes. De hecho, la tasa de ataque de este brote fue solo del 3,5%.

  • English

    A number of variants of the SARS-CoV-2 virus are now causing special concern all around the world due to its purported ability to evade the immune response in previously immunized people. Therefore, many governments, including that of Spain, have implemented non-pharmaceutical interventions (NPI) in an attempt to prevent variants of concern (VOCs) from being imported and, if they are, facilitate their timely detection and control their expansion throughout new regions.In this report, the real efficacy of the current NPI is subjected to examination, using the first COVID-19 outbreak of P.1 lineage (Gamma variant) arisen in Cantabria as a practical example. Likewise, the usefulness of genomic surveillance in keeping a pandemic situation under control is also assessed. Finally, the issue of whether there really exists in Spain, as well as in every Autonomous Community, the capacity to perform sufficiently broad genetic analyses, in a sufficiently short time and in a sufficient amount of samples, as to have real-time data on the evolution of the variants is addressed here. The COVID-19 outbreak reported in this work was kept under control and its expansion was avoided. However, analysing the facts, this success seems to be largely due to a surprisingly low transmission capacity of this strain of the virus, while not so much to a high efficiency of the existing NPI. Indeed, the attack rate of this outbreak has been as low as 3.5%.