Comparative study of DNA extraction to initiate harmonized protocol for a simple method of species identification: Fresh and canned Tuna case study

• Nadia Besbes ^[2] ; María-José Sáiz-Abajo ^[1] ; Saloua Sadok ^[2]
  1. [1] Centro Nacional de Tecnología y Seguridad Alimentaria

     Centro Nacional de Tecnología y Seguridad Alimentaria

     San Adrián, España

     
  2. [2] National Institute of Marine Sciences and Technologies (I.N.S.T.M)
• Localización: CyTA: Journal of food, ISSN 1947-6337, ISSN-e 1947-6345, Vol. 20, Nº. 1, 2022, págs. 39-49
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Estudio comparativo de la extracción de ADN a fin de iniciar un protocolo armonizado para un método sencillo de identificación de especies: estudio de caso de atún fresco y en conserva
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• Resumen
  • español

    Con el fin de obtener la mejor recuperación de ADN en términos de calidad y cantidad, en este estudio se aplicaron y compararon siete métodos diferentes de extracción de ADN. Así, se realizó un ensayo de RCP (reacción en cadena de la polimerasa) basado en el gen mitocondrial Cytb con la finalidad de identificar 53 productos alimentarios comerciales de amplia diversidad (especies de Scombridae Thunnus) comercializados en el mercado tunecino y de comprobar si estos productos estaban correctamente etiquetados según las legislaciones europea y nacional. Asimismo, para estudiar las relaciones entre las especies consideradas, se llevaron a cabo análisis filogenéticos sobre el gen mitocondrial Cytb. Las especies de atún fueron fácilmente diferenciadas y confirmadas por secuenciación directa. Los resultados permitieron constatar una elevada deficiencia en el etiquetado: 96% de las conservas de atún no especificaban la especie, aunque sí indicaban el nombre de la misma. La regresión por mínimos cuadrados parciales (MCP) mostró valores relativamente altos (45%) en todos los datos analizados, lo que da cuenta de una diferencia sustancial entre los procedimientos de extracción y las matrices, verificándose que el método SDS/PCI resultó ser el más adecuado.

  • English

    Seven different methods of DNA extraction were performed and compared in order to have the better DNA recovery in terms of quality and quantity. A PCR assay was realised based on the Cytb mitochondrial gene to identify 53 commercial food products of wide range diversity (Scombridae Thunnus species) commercialised in the Tunisian market, and we checked whether these products were correctly labelled under European and national legislations. Phylogenetic analyses on Cytb mitochondrial gene were used to study the relationships among the considered species. Tuna species was easily differentiated and confirmed by direct sequencing. The results showed a high deficiency in labelling: 96% of canned tuna did not specify the species, although the name of the species had to be mentioned. Partial least squares regression (PLS) showed relatively high values (45%) in all analysed data, suggesting substantial difference between the extraction procedures and matrices with SDS/PCI method being the most convenient.