Análisis filogenético de especies de Quercus L. utilizando tres códigos de barras de ADN

• Flor Cristina Pacheco-Reyes ^[1] ; Lihua Wei ^[2] ; Miguel Ángel Pérez-Rodríguez ^[1]
  1. [1] Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro

     Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro

     México

     
  2. [2] Instituto Politécnico Nacional

     Instituto Politécnico Nacional

     México

     
• Localización: Ecosistemas y Recursos Agropecuarios, ISSN-e 2007-901X, ISSN 2007-9028, Vol. 8, Nº. 2 (Mayo-Agosto), 2021
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Phylogenetic analysis of Quercus L. species with three DNA barcode genetic markers
• Enlaces
  • Texto completo  1    2  
• Resumen
  • español

    Resumen: El género Quercus L., Fagaceae, es de gran relevancia en cuanto diversidad, importancia ecológica y económica; pero la información taxonómica documentada no siempre permite distinguir entre los taxones. En este estudio se evaluó el poder discriminatorio de tres regiones de ADN (rbcL, matK e ITS2) como códigos de barras para identificar especies del género Quercus. Los datos analizados corresponden a 56 secuencias de rbcL, 51 de ITS2 y 61 de matK, provenientes de 92 especies (11 mexicanas y 81 de Eurasia y América del Norte). Los cebadores universales (rbcL e ITS2) amplificaron el 100% de las muestras de encinos mexicanos. El análisis BLAST de los fragmentos rbcL e ITS2 de encinos mexicanos, proporcionó un poder de identificación alto con 98.1 y 98.3%, respectivamente. Con el método basado en la distancia genética se tuvieron tasas de discriminación extremadamente bajas, posiblemente debido a distancias genéticas superpuestas, además de la frecuente hibridación entre especies y la baja tasa de variación. El método de unión de vecinos cercanos proporcionó un poder discriminatorio alto con los marcadores matK (81.96%) e ITS2 (80.39%), generando agrupaciones por regiones geográficas y por secciones del subgénero Quercus en los arboles filogenéticos. Según el rendimiento general de dicho método se propone el uso de ITS2 y matK como los códigos de barras de ADN más adecuados para la identificación de especies del género Quercus.

  • English

    Abstract: The genus, Quercus L, Fagaceae has great relevance in terms of diversity, ecological and economic importance. However, the recorded taxonomic information does not always distinguish the classification. In this study, three DNA regions (rbcL, matK and ITS2) were used as barcodes to identify species of the genus Quercus. The analyzed data (56 rbcl, 51 ITS and 61 matK sequences) corresponded to 92 species (11 are from Mexican, and 81 are from Eurasia and North America). The universal primers (rbcL and ITS2) amplified 100% of Mexican oak samples. The BLAST analysis of the rbcL and ITS2 fragments of Mexican oaks, showed a high identification ability with 98.1 and 98.3% respectively. Genetic distance-based method resulted in extremely low discrimination rates, possibly due to overlapping genetic distances, as well as frequent inter-species hybridization and a low rate of variation. The neighbor-joining method provided a high discriminatory ability with matK (81.96%) and ITS2 (80.39%) markers, generating groupings based on geographic regions and sections of the Quercus subgenus in phylogenetic trees. According to the overall performance, ITS2 and matK are recommended to use as the most suitable DNA barcodes to identify Quercus species.