Performance of real-time semi-quantitative polymerase chain reaction assay for optimum diagnosis of extrapulmonary tuberculosis and sensitivity to rifampin in a tertiary care center
-
Adrián Peñata-Bedoya [2] ; Shally Zuluaga-Avendaño [1] ; Tatiana Castaño-Sepúlveda [2] ; Julián Bustamante-Mira [2] ; Sigifredo Ospina-Ospina [1]
-
[1] Universidad de Antioquia
Universidad de Antioquia
Colombia
-
[2] Department of Molecular Biology & Transplant Immunology, Hospital Universitario San Vicente Fundación, Medellín, Colombia
-
- Localización: Revista de investigación clínica, ISSN 0034-8376, ISSN-e 2564-8896, Vol. 73, Nº. 6, 2021, págs. 354-361
- Idioma: inglés
- Títulos paralelos:
- Rendimiento del ensayo de reacción en cadena de polimerasa semicuantitativa en tiempo real para un diagnóstico óptimo de tuberculosis extrapulmonar y sensibilidad a rifampina en un centro de atención terciaria
- Enlaces
-
Resumen
- español
La tuberculosis representa un problema de salud pública, con enfermedad extrapulmonar que ocurre en el 15% de los casos incidentes anualmente. El diagnóstico precoz es un desafío debido a su naturaleza paucibacilar. Recientemente, se desarrolló un ensayo semicuantitativo molecular en tiempo real (GeneXpert Ultra) para superar las limitaciones de la versión anterior del ensayo (Xpert MTB / RF).
Objetivo: El objetivo del estudio fue evaluar la utilidad del nuevo ensayo GeneXpert de próxima generación en muestras extrapulmonares de diferentes sitios anatómicos en condiciones de diagnóstico de rutina en un centro médico universitario.
Métodos: Un total de 519 muestras de pacientes con diagnóstico presuntivo de TB extrapulmonar fueron sometidas a frotis, cultivo y ensayo molecular. Se realizaron análisis univariados para las características demográficas y microbiológicas. Se determinaron la sensibilidad, la especificidad y el índice Kappa con un intervalo de confianza del 95%.
Resultados: El ensayo molecular fue positivo en 53 muestras (10,2%), de las cuales 38 (71,6%) pertenecían a las categorías semicuantitativas de “baja” y “traza”. La sensibilidad y especificidad generales fueron 86,4% (intervalos de confianza [IC] del 95% 74,1-98,8) y 95,6% (IC del 95%: 93,7-97,6), respectivamente. Las pruebas de sensibilidad farmacológica fenotípica para rifampicina fueron 100% concordantes.
Conclusiones: El ensayo molecular mostró resultados significativos en comparación con otras pruebas estándar, lo que lo convierte en una herramienta útil que podría conducir a la mejora de un diagnóstico rápido de enfermedad extrapulmonar.
- English
Tuberculosis represents a public health problem, with extrapulmonary disease occurring in 15% of incident cases annually. Early diagnosis is a challenge due to its paucibacillary nature. Recently, a molecular real-time semi-quantitative assay (GeneXpert Ultra) was developed to overcome limitations of the previous assay version (Xpert MTB/RF).
Objective: The objective of the study was to assess the usefulness of the novel next-generation GeneXpert assay in extrapulmonary samples from different anatomic sites under routine diagnostic conditions at a university medical center.
Methods: A total of 519 samples from patients with presumptive diagnosis of extrapulmonary TB were subjected to smear microscopy, culture, and molecular assay. Univariate analyses for demographic and microbiological characteristics were performed. The sensitivity, specificity, and Kappa index with a 95% confidence interval were determined.
Results: Molecular assay was positive in 53 samples (10.2%), of which 38 (71.6%) belonged to the “low” and “trace” semi-quantitative categories. The overall sensitivity and specificity were 86.4% (95% confidence intervals [CI] 74.1-98.8) and 95.6% (95% CI: 93.7-97.6), respectively. Phenotypic drug susceptibility testing for rifampin was 100% concordant.
Conclusions: Molecular assay showed significant results when compared to other standard tests, making it a useful tool that could lead in the improvement to a rapid diagnosis of extrapulmonary disease.
- español
