El aspecto químico de la clasificación de las plantas se basa en sus constituyentes químicos, esto es, en sus características moleculares. Estas características también son controladas genéticamente, pero tienen la ventaja sobre las morfológicas, de que pueden ser descritas exactamente en términos de estructuras definidas y fórmulas químicas configuracionales. La elucidación de estructuras y configuraciones, abre el camino para entender su biosíntesis, la cual es de importancia sistemática fundamental. De esta manera, el método de la "Taxonomía Química" es simple en principio y consiste en la investigación de la distribución en series de plantas relacionadas o supuestamente relacionadas, de los compuestos químicos o grupos de comp.uestos relacionados biosintéticamente. Es posible que en un futuro, las enzimas sean de mayor importancia para la clasificación química de las plantas, que los productos "secundarios" de bajo peso molecular. Actualmente se está trabajando en este campo y en algunos casos los resultados parecen ser alentadores.
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